Alkujaan kalkkikivilouhoksina syntyneitä luolia alettiin käyttää hautoina 1700-luvulla, kun eräät Pariisin hautausmaat olivat muuttuneet terveysriskiksi. Silloin maanpäällisistä haudoista alettiin siirtää luita maanalaisiin käytäviin, joita samalla vahvistettiin uudella kiviaineksella. Luiden siirtäminen jatkui vuoteen 1814.[1]

Katakombien seinät ovat täynnä piirroksia, joista vanhimmat ovat peräisin 1700-luvulta. 1800-luvulla käytävissä jopa asui ihmisiä. Victor Hugo on käyttänyt Pariisin katakombien tuntemustaan romaanissaan Kurjat.[2] Toisen maailmansodan aikana katakombeja käyttivät vastarintaliikkeen jäsenet, ja maan alla 6. kaupunginosassa (ransk. arrondissement) sijaitsi myös saksalaisten bunkkeri.[3]

Maanalaiset tunnelit ja kammiot ovat jo pitkään aiheuttaneet turvallisuusongelmia. Toisinaan käytäviä romahtaa, mikä aiheuttaa usein vahinkoa rakennuksille. Tämän estämiseksi hallitus perusti jo vuonna 1777 IGC:n (Inspection générale des Carrières) valvomaan jo olemassa olevia käytäviä ja estämään uusien kaivamisen. Valvonta ja tunnelien lujittaminen ovat jatkuneet tähän päivään saakka.