Aïrvuoristosta saapuneet tuaregit perustivat 1000-luvulla pysyvän asutuskeskittymän, jota kutsuttiin nimellä Agadez.[1] Tutkimusmatkailija Ibn Battuta kävi Agadezin seudulla vuonna 1352, mutta hän ei mainitse Agadezia Rihla-teoksessaan. Tämä kertoo luultavasti siitä, että Agadezilla oli tuohon aikaan vain vähän merkitystä. Sen sijaan esimerkiksi läheinen kuparikaivos- ja kaupankäyntikeskus Tiggida mainitaan teoksessa.[2] Agadez oli pieni kaupankäyntikeskus 1400-luvulle saakka, jolloin sulttaani Ilisawan (1430–1449), yksi tuaregivaltio Aïrin ensimmäisistä sulttaaneista, saapui paikkakunnalle ja päätti rakentaa sinne palatsin. Vuodesta 1430 lähtien Agadez toimi Aïrin pääkaupunkina. Toisen lähteen mukaan vuosina 1461–1477 hallinnut sulttaani Yusuf bin Aishata olisi siirtänyt keskuspaikan Agadeziin[2]. Vuonna 1450 kaupungin väkiluku oli noin 30 000[3] ja 1500-luvulle saakka Agadez oli huomattava Pohjois-Afrikan ja hausojen välisen kaupan välittäjä.[1][4]

Songhain kuningaskunnan johtaja Askia Mohammad Ture kulki vuonna 1498 Agadezin seudun läpi ollessaan Mekkaan suuntautuvalla pyhiinvaellusmatkalla. Hän piti näkemästään ja valloitti paluumatkalla Agadezin ympäristöineen. Näin kaupunki liitettiin Songhain kuningaskuntaan, ja se joutui maksamaan veroja kuningaskunnalle. Songhain vallan alla Agadez kukoisti, mutta Aïrvuoriston alue oli epävakaata seutua. Alueella oli usein konflikteja heimojen ja etnisten ryhmien välillä, ja toisinaan konflikteista seurasi kokonaisten kylien tuhoutuminen. Sulttaani ja muu yläluokka ei uskaltautunutkaan vuoristoon ilman armeijaan kuuluneita henkilöitä ja orjia. Agadezin suojelemiseksi rakennettiin 4,5 metriä korkea muuri valleineen. Kaikkiaan muurilla, jossa oli neljä porttia, oli pituutta 4,5 kilometriä. Kuningas Askia Mohammad Ture perusti seudulle myös kaksi etuvartioasemaa: toisen Agadeziin ja toisen läheiseen In-Galliin. Etuvartioasemien avulla pyrittiin turvaamaan karavaanien kulkua. Suojelutoimenpiteet osoittautuivat toimiviksi, ja Agadez kukoisti. Kaupunkiin saapui kauppiaita, jotka myivät viljaa, kultaa, hajusteita, nahkatuotteita, suolaa, tekstiilejä, mausteita ja taateleita. Lisäksi saapui hausa- ja songhai-kansoihin kuuluvia käsityöläisiä. Muurien ulkopuolelle alkoi kehittyä uusia asuinalueita, joihin muuttajat asutettiin. 1500-luvulla Agadeziin saapui noin 70 muslimitiedemiestä, jotka olivat alkuperältään arabeja ja fulbeja. Yksi heistä, Zakarya nimeltään, rakensi kaupunkiin kuuluisan moskeijan, joka valmistui vuonna 1515[4]. Songhain kuningaskunta hajosi vuonna 1591, ja 1600-luvulla Agadez liitettiin Bornun valtakuntaan[5].[1]

 

Tuaregimies rakennuksen edessä Agadezissa

Seuraavien vuosisatojen kuluessa tuaregeja muutti yhä pohjoisesta Aïrin alueelle ja myös etelämpänä sijaitsevalle Aderin alueelle. Levottomuus kasvoi Agadezin seudulla. Käytiin myös kiivaita taisteluita, jotka johtuivat kolmen johtavan tuaregiheimon, Kel Gressin, Kel Ferwanin ja Kel Oweyn, välisistä riidoista. Agadez kärsi taisteluista suuresti, ja epidemiat, kuivuus sekä yli 300 taloa tuhonnut rankkasade pahensivat tilannetta entisestään.[6] Agadez menetti kaupallisen merkityksensä 1700-luvun lopulla[4] ja monet asukkaat muuttivat etelään hausojen asuttamiin kaupunkeihin[7]. Saman vuosisadan loppuun mennessä Kel Gressin heimo syrjäytettiin ja työnnettiin etelämmäksi.[6]

 

Suolakaravaani matkalla Agadezista Bilmaan vuonna 1985.

Saksalainen tutkimusmatkailija Heinrich Barth kävi Agadezissa vuonna 1850. Hän kuvaili kaupunkia ”varjoksi menneisyydestä”. Agadezin moskeija ja useat talot olivat raunioina. Barthin vierailun aikana ainoastaan osa kaupungista oli säilynyt asutettuna ja koskemattomana.[6]

Ranskalaisten valta Nigerin eteläisillä alueilla kasvoi 1900-luvun alkuvuosina. Pohjoiset osat pyrkivät vastustamaan ranskalaisia, mutta ranskalaisten onnistui saada Aïrin aluekin haltuunsa ja saada Agadezin sulttaania suurempi valta. Agadeziin perustettiin tämän jälkeen sotilasasema. Tuaregit aloittivat säännöllisen kapinoinnin ja ryöstelyn, ja epävakaus alueella alkoi kasvaa. Vuosina 1913–1915 Agadezia vaivasi ankara nälänhätä ja kuivuus, jonka aikana ranskalaiset alkoivat vaatia tuaregikarjatilallisilta muun muassa ruokaa[8].[6]

Izkazkazentuaregi Kaocen Ag Mohammed oli lähtenyt Aïrin alueelta ranskalaisten alettua työntyä kohti pohjoista ja liittyi ranskalaisia vastaan kapinoiviin tuaregijoukkoihin. Joukot jatkoivat tämän jälkeen matkaansa kohti itää. Tšadjärven alueella Kaocenin joukkoihin liittyi Kanemin ja Bornun valtakunnan senuseja. Tšadjärven alueelta Kaocenin kokoama armeija lähti etenemään kohti Agadezia. Sulttaani Tegama oli Kaocenia odotellessaan rakennuttanut tälle oman talon, joka sijaitsi sulttaaninpalatsin vieressä. Tegama oli virallisesti ranskalaisten liittolainen, mutta salaliitossa Kaocenin kanssa. Kaocenin joukkojen oli tarkoitus hajottaa ranskalaisten tukikohdat ja hyökätä myös Agadeziin palaavien ranskalaisjoukkojen kimppuun. Eräs ranskalaiskapteeni aavisti kuitenkin uhan ja määräsi joukot palaamaan Agadeziin. Suurin osa ehtikin sinne ennen Kaocenin joukkoja. Ranskalaisjoukot menivät Fort Dufauhon, joka oli linnoitettu varastorakennus. Rakennuksessa oli ruokatarvikkeita ja ammuksia. Kaocenin joukot aloittivat 13. joulukuuta 1916 Fort Dufaun piirityksen, joka kesti 81 päivää ja päättyi, kun ranskalaiset saivat apujoukkoja etelästä. Ranskalaisten kukistettua piirityksen Kaocen ja sulttaani Tegama pakenivat Agadezista. Ranskalaisjoukot teloittivat sadoittain muun muassa salaliittolaisia. Agadez oli jälleen ranskalaisten vallassa.[6]

 

Poika Agadezin laitamilla

Agadez lähialueineen kärsi monia ihmishenkiä vaatineesta malariaepidemiasta. Ihmisiä muutti alueelta pois, sillä monet olivat menettäneet karjansa. Myös Agadezin kaupankäynti oli pysähtynyt. Ranskalaiset alkoivat järjestää sotilashallintoaan uudelleen. Toukokuussa 1917 he joutuivat kutsumaan Agadeziin vuonna 1907 syrjäyttämänsä entisen sulttaanin, Ibrahimin, sillä paikallisväestö ei suostunut olemaan tekemisissä ranskalaisten kanssa muuten kuin hänen välityksellään. Sulttaani toimi Ranskan vallan alaisena, ja hänellä oli vähän valtaa. Agadezin departementti (nyk. Agadezin alue) pysyi Ranskan sotilashallinnon alaisena vuoteen 1960, jolloin Niger itsenäistyi.[6]

Agadezista pohjoiseen sijaitsevasta Arlitista löydettiin 1960-luvulla uraania,[9] jonka jälkeen kaupungista rakennettiin uusi tie Arlitiin,[9] Zinderiin ja Niameyhin.[10] Arlitin ja Agadezin välistä tietä kutsutaan leikillisesti nimellä la route de l'uranium.[9]

Agadez toimi kapinakeskuksena myös 1990-luvun tuaregikapinassa, jota käytiin Nigerin hallitusta vastaan.[8] Kapinointi vähensi 1990-luvun alussa muun muassa Agadezissa käyvien matkailuryhmien, elokuvaryhmien ja jopa Bilmasta tulevien suolakaravaanien määrää. Tuaregit tekivät rauhan vuonna 1998, ja eräästä kapinapäälliköstä tuli Nigerin matkailuministeri. Tämän jälkeen matkailu alkoi elpyä.[10] Kuitenkin vuonna 2007 alkaneen ja aselepoon toukokuussa 2009[11] päättyneen Nigerin hallituksen vastaisen tuaregikapinan keskuksena toimi jälleen Agadez.[8] Kapinan aikana useita Aïrvuoriston kylien asukkaita pakeni suurempiin keskuksiin, kuten Agadeziin.[12] Tilanteen rauhoituttua ihmiset ovat alkaneet palata kotiseudulleen.[12] Aseistautuneet kapinalliset hyökkäsivät kesäkuussa 2007 Agadezin lentoasemalle ja alkoivat tulittaa, mutta viranomaisten mukaan hyökkäyksessä vältyttiin kuolonuhreilta ja vakavilta vahingoilta.[13] Agadezin asukkaiden mukaan myös kaupungilla ammuskeltiin.[14]

Unesco oli pitkään kiinnostunut Agadezista ja auttoi Nigerin hallitusta saamaan kaupungista maan ensimmäisen kulttuurikohteen Unescon maailmanperintöluetteloon. Luetteloon pääsemiseen tähtäävä prosessi aloitettiin vuonna 2000, ja sen oli tarkoitus päättyä vuonna 2004. Kuitenkin Agadez liitettiin vasta vuonna 2013 maailmanperintöluetteloon[15]. Eräs syy pitkään prosessiin oli, että Nigerin hallitus ja maan kulttuuriministeriö olivat djerma- ja hausakansoihin kuuluvien hallussa. Heidän mukaansa Agadez symboloi tuaregien asuttamaa pohjoista, ja he kannattivat etelässä sijaitsevan Zinderin vanhankaupungin valitsemista Nigerin ensimmäiseksi kulttuuriperintökohteeksi. Djermojen ja hausojen välit tuaregeihin heikkenivät 1990-luvun tuaregikapinoinnissa.[16]

Agadezissa kävi vuonna 2006 viikoittain joitain satoja matkailijoita,[17] mutta matkailu on kärsinyt tuaregien kapinoinnista.[8] Vuoden 2009 alussa lennot Agadeziin oli lopetettu.[18] Samoin ravintoloita ja hotelleja oli suljettu kapinoinnin vuoksi.[18]

Agadezin alueella satoi epätavallisen rankasti syyskuun alussa 2009, minkä vuoksi alavat maat ja laaksot joutuivat tulvan alle. Agadezin kaupunki oli yksi pahimmin tulvasta kärsineistä alueista, sillä 1. syyskuuta kaupungin läpi virtaava, osan vuotta kuivana oleva joki tulvi yli äyräidensä padon murruttua. Tulva tuhosi tuhansittain koteja, julkisia rakennuksia, satoja ja teitä sekä tappoi ihmisiä ja karjaa. Punainen Risti alkoi 6. syyskuuta alkaen auttaa tulvasta kärsineitä antamalla heille muun muassa huopia, suojapeitteitä ja saippuaa.[19][20] Myös esimerkiksi Unicef ja Nigerin hallitus auttoivat hätääkärsiviä.[21]

Aïrin sulttaanikunta, jonka ensimmäinen sulttaani Yunus aloitti toimessaan vuonna 1404, on yhä olemassa.[2] Alkuvuonna 2012 valtaan nousi järjestyksessä 55. sulttaani Oumarou Angali.[22]