XV mendean Kyotoko enperadorean sakabanatuta zituen shogunen boterea indartzen hasia zen. Togashi leinua zen bertako nagusi baina enperadorearen aldekoa zenez aginte ahula zeukan. Kanazawaren mendebaldean dagoen Kagara Rennyo monjea iritsi zen eta budismoa zabaltzen hasi zen. Honek bere jarraitzaileekin Togashik bere buruaz beste egitera behartu zuen eta mende batez Ikko nekazariak izan ziren Kagako agintari. Errepublika honi "Nekazarien erresuma" izena eman zitzaion. Kanazawa Gobo basilika izan zen boterearen egoitza, inguratzen zuten bi ibaiek eta mendi garaiek gotorleku natural bihurtzen baitzuten. 1580an Oda Nobunaga shogunaren generala zen Sakuma Morimasak erasotu eta erresumaz jabetu zen. 1581ean Maeda Toshiie samuraia bihurtu zen Noto penintsula guztiaren nagusi. Garai hartan Tokugawa Ieyasu shogunaren ondoren Japoniako bigarren gizon boteretsuena bihurtu zen.

1600 urtearen ondoren Tokugawa shogunerritik kanpora zegoen hiri aberatsena bihurtu zen Kaga eta Kanazawaren populazioa nabarmen igo zen. 1611ean samuraien auzoa eratu zen eta 1616 inguruan tenpluen auzoa sortu zen.

1631ean Sai ibaiaren zubiaren inguruan sortu zen sute ikaragarri batek hiriaren gehiengoa erre zuen, baita gaztelua ere. 1632an gaztelua berreraikitzean ubide sistema bat planifikatu zen eta honetaz baliatuz Kenroku-en lorategiak sortu ziren. Kanazawa hiria bera ere xakearen itxuran planifikatzea erabaki zen, aintzinako eredu kaotikoa alde batetara utzita.

Kostaldearen paralelo zihoan Hokuriku errepidea Kanazawako gazteluaren ondotik pasatzeak hiriaren garrantzia handitu zuen. Edo Aroan Kanazawako kale nagusia Owari-cho zen, zabala eta merkatarien etxeak alde bietan zituena, eta merkatu ezaguna egiten hasi ziren bertan, gaur egun ere badirauena. 1820an geisha auzoa eratu zen Utatsuyama emndiaren eta Sai ibaiaren artean.

Meiji berrezarkuntzaren ondoren gazteluak gobernuaren esku gelditu ziren eta Kanazawan Japoniako armada inperialaren 9. dibisioa ezarri zen. Gaur egungo Kanazawa hiria 1889an fundatu zen.

1945ean Kanazawa izan zen Japonian bonbaketarik jasan ez zuen hiri haundi bakanetako bat, beraz bere ondare kulturalak bertan dirau oraindik.