Su antecedente inmediato es el Estudo Geral fundado en 1290 en Lisboa y transferido a Coímbra en 1308 por el rey Dionisio I,[1]​ sólo un siglo más tarde de la fundación de la nación portuguesa.

Antes, en 1288, había sido elaborada una Súplica al papa Nicolás IV firmada por los abades de los monasterios de Alcobaça, Santa Cruz de Coímbra y San Vicente de Lisboa y por los párrocos de 24 iglesias y conventos del reino. En este documento se solicitaba la fundación de un "Estudio General" financiado por las instituciones religiosas firmantes. Realmente, no se sabe si esta Súplica llegaría a la Santa Sede.[2]​

El 1 de marzo de 1290, Dionisio I firmó en Leiría, el documento “Scientiae thesaurus mirabilis”, que instituía la propia Universidad y pedía al papa Nicolás IV la confirmación. La bula “De statu regni Portugaliae” del papa Nicolás IV, con fecha de 9 de agosto de 1290, reconocía el Estudio General, con las facultades de Artes, Derecho Canónico, Derecho Civil y Medicina. La de Teología se reservó a los conventos dominicos y franciscanos (hasta aproximadamente el año 1380 en que pasó a formar parte de la enseñanza del sistema portugués).[2]​ Tras su inicio en Lisboa, la Universidad se traslada a Coímbra, donde ocupa el Palacio de Alcáçova en 1308. En 1338 vuelve a trasladarse a Lisboa, hasta 1354 que retorna a Coímbra. En 1377 volvió de nuevo para la capital portuguesa.[2]​

Allí permanecería hasta 1537, cuando por orden del rey Juan III vuelve definitivamente a Coímbra.[2]​

En 1772 la Universidad recibe los "Estatutos Pombalinos", enmarcados en las Reformas de Pombal que, con carácter de ley, significaron cambios que impulsaron la modernización de los estudios universitarios, construyendo nuevos edificios y reformulando las materias impartidas.[3]​ De esta reforma surgieron el Laboratorio Químico, el Observatorio Astronómico, la Imprenta de la Universidad, el Gabinete de Física Experimental y el núcleo del Jardín Botánico y del Museo de Historia Natural.[4]​