La isla de Itsukushima es una de las muchas islas del mar Interior de Seto (en japonés: 瀬戸内海, Seto Naikai) y es donde se localiza el monte más elevado de la región, el monte Misen (530 m.). Debido a la costumbre sintoísta de adoración de las montañas el lugar fue considerado sagrado y como tal prohibido a la presencia humana, desde tiempos remotos. Así, el santuario fue construido sobre el agua, junto a la isla, que hoy está considerada parque natural.[1]​

Se considera que el Santuario Itsukushima fue fundado en el año 593, pero su existencia solo está confirmada a partir del 811. Se conoció como el "Santuario de la provincia de Aki" durante el período Heian, entre los años 794 y 1185.

Hay registros que en el año 1168, un sacerdote sintoísta, Saeki Kagehiro, había reconstruido y ampliado los edificios, a su configuración actual. Está confirmado que esta reconstrucción había sido financiada por Taira no Kiyomori, uno de los más poderosos jefes de los clanes del período Heian. Taira consideraba que sus éxitos políticos y militares se debía a la influencia de los kami de Itsukushima y ahí rendía culto en todas las ocasiones importantes.

Los edificios principales del santuario fueron destruidos por un incendio en 1207, durante el período Kamakura (1185-1333). Fueron reconstruidos ocho años después, para sufrir una nueva destrucción por el fuego en 1223. Nuevamente fueron reconstruidos en 1241 y son de esta fecha las edificaciones que encontramos, actualmente, en el templo.

Dado que el Itsukushima-jinja se construyó sobre el mar, sufrió frecuentes daños a lo largo de los tiempos, especialmente el gran Torii, que sufrió múltiples reconstrucciones, la última de las cuales fue en 1875. También fueron añadidos nuevos edificios: el Gojûnotô (la pagoda de los cinco niveles) en 1407, el Tahôtô (la pagoda de los dos niveles) en 1523 y varios Honden (edificios con altares a diversos kamis).

La isla de Itsukushima tuvo una destacada importancia comercial debido a su posición en el mar interior de Japón. En el período Muromachi fue construido un mercado, a raíz del cual se empezó a desarrollar un área urbana. Se construyó un templo budista cerca de la cumbre del monte Misen, que también atraía a muchos peregrinos. La isla fue perdiendo su carácter sagrado y restringido, volviéndose en un lugar de gran belleza por la integración paisajística de sus bellezas naturales y de sus edificios religiosos.