Durante el primer año del periodo Suiko (593) se fundó el santuario Itsukushima, construida por Saeki Kuramoto, quien fue una persona de gran influencia en Saekibe en aquel entonces.[1]​

En el año 806, durante el periodo Daido, Kukai (Kobodaishi), tras haber regresado de China durante la dinastía T'ang, al visitar Miyajima en su camino a Kioto, lo consideró un lugar sagrado por haber sentido la presencia de espíritus en la isla, por lo que construyó un Hondo (Salón principal) en el Monte Misen y tomó la práctica Gumonji durante cien días.

Durante el año 1146 (segundo año del periodo Kyuan), Taira Kiyomori renovó el santuario Itsukushima dándole el estilo de Shinden-zukuri de culto, introdujo la danza Bugaku del templo Osaka Shitennoji y transcribió los sutras Hokekyo junto con su clan creando los pergaminos Heike. Taira Kiyomori también llevó la cultura de Kioto a Miyajima, brindando artículos de arte, como armaduras y espadas, al santuario. También consiguió aumentar el territorio del santuario. Además del clan Taira, da Kyoto también llegaron familias imperiales y nobles como los emperadores jubilados Goshirakawa y Takakura, Kenshunmonin, Kenreimonin y Tukoshi Chugu. Después de la desaparición de los Heike en Dan-no-ura, los shoguns de Kamakura y Muromachi comenzaron a dar culto en el santuario. Se considera que la gente empezó a vivir en la isla al final de la era de Kamakura.

Durante la guerra civil (Periodo Sengoku), Ouchi Yoshitaka cometió hara-kiri en el templo Nagato-dainei por la rebelión de Sue Harukata. Después de esto, Mori Motonari, gran amigo de Yoshitaka se puso en contra de Harukata y construyó un castillo en Miyano-o, al norte de Miyajima con el fin de atraer a las fuerzas de Harukata y ahí atacarlo en septiembre de 1555 donde saldría victorioso.

Tras perder la batalla, el general Hironaka Takakane huyó a Ema-ga-dake, donde cometió hara-kiri, acto que también realizó Harukata tras huir a Oeno-ura. Esta batalla se conoce como "Itsukushima Gassen (la batalla de Miyajima)" y es una de las emboscadas más famosas en la historia de Japón.

Mori ganó la batalla contra Sue y se convirtió en un líder militar con control de más de 10 condados del distrito de Chugoku. Mori y su hijo Takamoto contribuyeron con el crecimiento de Miyajima, construyeron el santuario de Tenjinsha, reconstruyeron el puente de Soribashi y la gran puerta, así como cambiar el corredor del santuario de Itsukushima.

Toyotomi Hideyoshi ordenó a Ankokuji Ekei que construyera “la gran casa de las escrituras Budistas” en honor a los soldados que habían muerto durante la guerra de 1587, pero con la muerte de Hideyoshi en 1598 el proyecto fue abandonado.

En la época de Edo, Fukushima Masanori fue proclamado como jefe de la provincia de Akinokuni. Fukushima protegió a los comerciantes y las rutas de comercio. Debido a esto Miyajima se convirtió en un centro de comercio y en el centro de varios culturas como Kabuki, luchas de [Sumo] y lotería.

En el primer año del periodo Keio (1865), estalló la segunda guerra Choshu entre Choshu quien seguía al Emperador y al anti-shogun y el shogun de Tokugawa. Durante el segundo año del periodo Keio, el templo Daigan-ji sirvió como lugar para las negociaciones de tregua y una conferencia de cese de fuego entre un oficial (Katsu Kaishu) del shogun y un representante de Choshu (Hirosawa Saneomi).

Durante el primer año del periodo Meiji se creó el decreto que separa al Budismo del Sintoísmo y esto causó que se destruyeran muchos templos por un grupo anti-budismo llamado Haibutsu Kishaku. En el octavo año del periodo Meji (1876) la gran puerta fue dañada severamente y restaurada. Materiales de las ciudades de Saito y Muragume así como de Hiroshima fueron traídos para la restauración.

El primer ministro Ito Hirobumi que reinó durante 1841 y 1909, visitaba frecuentemente Miyajima y se dice que escribió los armazones que están en Misen-sanki-do y en el templo de Daigan-ji. A su vez juntó donaciones para los templos y usó su propiedad para mantener y restaurar la ruta de ascenso al monte Misen.

En el año 12 del periodo Taisho Miyajima fue considerado como lugar de importancia histórica. En el año 25 del periodo Showa (1950) fue designado como un parque nacional de Setonai-kai y en diciembre del octavo año del periodo Heisei fue registrado como Patrimonio Mundial de la UNESCO junto con el santuario de Itsukushima.

Hoy en día Miyajima recibe un subsidio del gobierno así como donaciones de distintos lugares para poder mantener el lugar renovado y limpio.

Cronología Año-Fecha-Evento[2]​ 593 -12 de noviembre - Se funda el santuario de Itsukushima 806 - Se construye un templo en el Monte Misen, por Kobo Daishi un monje Budista. 1146 -febrero - Taira-no-Kiyomori es designado como gobernador de la región. 1167 -11 de febrero - Taira-no-Kiyomori es designado como primer ministro. 1168 -noviembre Un nuevo santuario es construido por el clan Taira. 1179 -29 de febrero Itsukushima se convirtió en el vigésimo segundo santuario imperial. 1180 -26 de marzo El emperador Takakura-Joko visita el santuario. 1189 -junio Minamoto-no-Yoritomo, el creador del Kamakura shogun presenta un fondo para el santuario. 1278 -Otoño Ippen visita el santuario. 1286 -19 de octubre La “puerta” Arinoura O-torii es reconstruida. 1325 -25 de junio Arinoura O-torii es destruida por un tifón. 1362 -1 de enero Se consagra la deidad de Marodo. 1371 -Abril Arinoura O-torii es reconstruida. 1389 -11 de marzo Shogun Ashikaga Yoshimitsu visita el santuario. 1524 -3 de julio El general Ouchi Yoshioki toma Itsukushima como su cuartel. 1525 -26 de febrero Ouchi Yoshioki mueve su cuartel de Itsukushima a Kadoyama. 1540 -1 de noviembre Ouchi Yoshioki prende fuego a Itsukushima con el fin de ganar la batalla. 1541 - 12 de enero Tomoda Yorifuji traiciona a Ouchi y usa un barco pirata para atacar Itsukushima. 1541 - 15 de enero Kurokawa Takano, general de Ouchi, destruye al barco pirata y empieza la reconstrucción de Itsukushima. 1541 - 23 de febrero Tanamori Fusaaki es designado como sumo sacerdote. 1556 - Abril Mori Takamoto construye el santuario Tenjin. 1561 - 4 de octubre Mori Motonari y Mori Takamoto reconstruyen Arinoura O-torii. 1592 - Abril el general Toyotomi Hideyoshi visita el santuario de Itsukushima. 1832 - Itsukushima Ema-kagami se crea, una publicación con información del santuario. 1836 - Itsukushima Zu-e, una publicación con imágenes de Itsukushima se crea. 1868 - 28 de marzo El decreto que separa al Budismo del Sintoísmo publicado y un movimiento anti-budismo destruye al santuario de Itsukushima. 1880 - marzo El oratorio Hozan se consagra en la pagoda de Tahoto. 1889 - abril El pueblo de Itsukushima, llamado Itsukushima-cho se crea. 1906 - 24 de noviembre El sendero para subir el Monte Misen se restaura con la donación de Ito Hirofumi. 1914 - 21 de octubre Se pone electricidad en la oficina del santuario. 1920 - 10 de febrero Los bosques de Miyajima y el santuario de Itsukushima se declaran como propiedad del gobierno. 1949 - enero Reparaciones en los edificios de la isla comienzan debido al daño causado por deslaves. 1950 - 3 de noviembre El pueblo Itsukushima-cho cambia su nombre a Miyajima-cho. 1952 - 22 de noviembre Se declara la isla e Itsukushima como lugar histórico. 1954 - 20 de marzo Se construye el templo de Kiyomori. 1957 - 31 de agosto La renovación al santuario de Itsukushima es terminada. 1982 - septiembre Se termina la renovación del Goju-on-to, la pagoda de 5 pisos. 1991 - 27 de septiembre El santuario de Itsukushima es dañado por un tifón. 1995 - octubre Se celebra el aniversario 1400 de la creación del santuario. 1996 - diciembre El santuario de Itsukushima es registrado como Patrimonio Mundial Cultural.↑ «History Miyajima» (en inglés). Consultado el 2 de noviembre de 2010.  ↑ «Chronology of Miyajima» (en inglés). Consultado el 2 de noviembre de 2010.