Se han encontrado trazas de establecimientos que datan de tiempos muy antiguos. Particularmente, en la colina de Rainberg existen indicios de una ocupación continuada desde el Neolítico hasta la conquista romana en tiempos del emperador Augusto. En la colina del castillo y en el Kapuzinerberg se han descubierto restos de fortificaciones de lo que en la Edad de Hierro fue con toda probabilidad el centro más importante del pueblo celta de los ambisontii.

Los romanos agruparon las pequeñas comunidades agrícolas en una única urbe, Juvavum, en el año 15 a. C. Es probable que el nombre no provenga de una divinidad romana, sino que fuese la adaptación de un anterior nombre celta (Iuvavo). La urbe se convirtió en municipium en el año 45 d. C. bajo el emperador Claudio (Municipium Claudium Juvavum), llegando a ser uno de los más importantes de la provincia de Noricum. El declive de Juvavum después del colapso de la frontera de Noricum fue muy rápido, de tal forma que en el siglo VII estaba en un estado prácticamente ruinoso.

Hacia el año 700, san Ruperto fundó una nueva población en el solar del antiguo Iuvavum romano, en su búsqueda por establecer una basílica, y convirtió en 739 la población en sede de un obispado y en 798, Arno, en sede de un arzobispado.

Salzburgo fue gobernada por un príncipe-arzobispo hasta principios del siglo XIX.[1]​ Su último príncipe-arzobispo fue Hieronymus von Colloredo.

Según la Enciclopedia Británica, Salzburgo sufrió daños “relativamente pequeños” durante la Segunda Guerra Mundial y fue el cuartel general de las fuerzas militares estadounidenses durante la ocupación aliada de Austria entre 1945 y 1956.[2]​

En 2015, durante la Crisis migratoria en Europa, se decretó la suspensión de conexiones directas en tren entre Salzburgo y Múnich como medida para intentar frenar el ritmo de salidas de refugiados de países extracomunitarios desde Austria en dirección de Alemania. En septiembre, más de &&&&&&&&&0100000.&&&&&0100 000 refugiados, en su mayoría afganos, iraquíes y sirios, pasaron de Austria a Alemania.[3]​

En septiembre de 2018, Salzburgo acogió la Cumbre europea dentro de la presidencia austriaca del Consejo de la Unión Europea. En medio del proceso de refundación de la Unión Europea, la migración y la salida del Reino Unido de la Unión Europea (Brexit) eran las dos cuestiones que preocupaban y dividían a los líderes del Consejo Europeo en ese momento.[4]​