En 970 se creó la parroquia de Detwang, hoy un barrio de la ciudad, y a continuación se construyó el castillo de Grafenburg oberhalb der Tauber de donde se origina la designación "ob der Tauber" y que significa "sobre el río Tauber". Este castillo fue destruido por el terremoto de 1356. La ciudad fue elevada al rango de Ciudad Imperial Libre entre 1170 y 1240. La figura más prominente de la época medieval de Rothenburg fue Heinrich Toppler (ca. 1340–1408), que con su enérgica política y compras de terreno influenció el desarrollo de la ciudad por muchos años después de su muerte.

 Vista de Rothenburg. Ayuntamiento en la Plaza del Mercado. Rothenburg en 1945 tras el bombardeo aliado.

En 1631, durante la guerra de los Treinta Años la ciudad fue tomada por Johann Tserclaes, conde de Tilly. Este hecho dio origen a la tradicional celebración anual del Meistertrunk (trago maestro), con una pieza alegórica. Según dice la tradición, Tilly hizo prisioneros a los concejales del ayuntamiento, los condenó a muerte y ordenó que la ciudad fuese quemada. El alcalde de Rothenburg le dio como ofrenda de bienvenida vino servido en un magnífico y colorido vaso de vidrio de 3¼ litros. Tilly, ligeramente aplacado por el gesto, ofreció respetar la integridad de la ciudad si alguien era capaz de beberse el vino de la jarra en un solo trago. El alcalde, Georg Nusch, se ofreció voluntariamente para el intento, y para el asombro de todos y en particular de Tilly, Nusch procedió a bebérselo de un solo trago, con lo que la ciudad fue salvada de la destrucción.

Después de que las últimas tropas abandonaran la ciudad en 1650, el desarrollo de la ciudad quedó paralizado y Rothenburg perdió significancia. Esta es la razón por la cual los edificios de esta época, en su mayor parte, se han conservado hasta el día de hoy.

En 1803, con la mediatización y secularización del Sacro Imperio Romano Germánico, Rothenburg pasó a formar parte de Baviera. En estos años la ciudad llegó a ser un destino turístico favorito de ingleses y franceses. Durante la República de Weimar Rothenburg se convirtió en un fuerte apoyo del partido nacionalsocialista. En las elecciones de 1933 los ciudadanos de Rothenburg dieron a los nacionalsocialistas el 83% de los votos.

El 31 de marzo de 1945, la ciudad fue bombardeada por la fuerza aérea de Estados Unidos, lo que resultó en la destrucción del 40% de la ciudad. Sin embargo, las partes más antiguas de la ciudad y sus edificios históricos no resultaron afectados.[cita requerida] Los edificios destruidos fueron reconstruidos en su forma original después de la guerra, en parte, con la ayuda de donaciones de miembros del ejército estadounidense.[cita requerida]

El 17 de abril de 1945, en los últimos días de la Segunda Guerra Mundial, el general Devers del ejército de Estados Unidos dio la orden para que la ciudad fuese atacada por la artillería. La ciudad fue salvada por John Jay McCloy, quien pidió permiso para solicitar la rendición incondicional de la ciudad antes del ataque. La madre de McCloy había visitado Rothenburg antes de la guerra y le había contado de la belleza medieval de la ciudad, por lo que McCloy era reacio a destruirla. El comandante regional alemán rechazó la oferta, pero el mayor Thömmes, al mando de las tropas alemanas de la ciudad, ignoró esta orden y rindió la ciudad.