Originalmente construido durante el siglo XI, es contemporáneo del templo de Besakih, el templo Lempuyang Luhur, el templo Guwa Lawah, el templo de Uluwatu y el templo Pusering Jagat. Como iniciador del establecimiento de los sad kahyangan está el sacerdote hinduista Mpu Kuturan.[1]​

Es posible que el templo haya sido utilizado anteriormente como lugar de culto y lugar de meditación por maestros espirituales en el área de Tabanan y Bali. Esto se basa en el descubrimiento de fuentes de agua y con varios tipos de fuentes de estatuas.[1]​

El pura Luhur Batukaru más tarde fue consagrado por los rajás del reino de Tabanan, que lo convirtieron en el templo de la familia real y dedicaron santuarios a sus dioses ancestrales. Muchos de los merus con techo de paja dentro del santuario interior todavía representan una rama particular o un antepasado de la familia real. Fue destruido en 1604, y reconstruido en 1959. El santuario más importante del templo es un meru de 7 niveles dedicado a Mahadewa, el dios del monte Batukaru,[2]​ un dios que cultiva plantas mediante el uso adecuado del agua.[1]​