La ocupación humana en la actual zona de bosques Andino Patagónicos solo fue posible a partir del retiro de los hielos que la invadieron durante la última glaciación pleistocénica de hace aproximadamente 14 milenios.

Los antecedentes humanos analizados por los últimos estudios de pinturas rupestres de la Comarca Andina señalan una antigüedad de unos 11.500 años, dos milenios antes que las pinturas de la Cueva de las Manos del río Pinturas, en Santa Cruz.

Resulta paradójico no encontrar antecedentes líticos y de las edades de cobre, bronce, hierro, ni tampoco más recientes, que den pistas para identificar a los más antiguos habitantes de estos valles. Es de hacer notar que casi todos los asentamientos poblacionales originarios de América, por lo general, se los encuentra en las proximidades de las fuentes de agua: ríos, arroyos, lagos, litorales marítimos o combinados con los abrigados bosques, o en las llanuras y pampas aptos para la cría de animales.

No obstante encuadrarse plenamente en estos casos, los valles cordilleranos circundantes a la actual región de El Bolsón no registran antecedentes antropológicos anteriores a las más recientes etnias mapuche y tsonek o chon (tehuelche). Sin embargo, sí se han verificado huellas culturales de asentamientos primitivos en las vecindades de la estepa, con condiciones climáticas y geográficas mucho más severas.

Los primeros pobladores de la región fueron los tsonek, de costumbres cazadoras y recolectoras, estacionalmente nómades. Era normal que durante los inviernos se refugiaran en las regiones más abrigadas de los bosques y lagos, para emprender con mayor intensidad las actividades de caza de guanacos durante el verano y los otoños suaves. Bien poco se conoce de ellos antes del siglo XVI, pero a través del proceso de araucanización fueron fuertemente influenciados por los mapuches, cuya cultura más sólida y cohesionada fue ganando terreno hacia la zona oriental de la Patagonia, tanto en forma pacífica como mediante guerras expansionistas.

Ambas etnias originarias fueron en su gran mayoría acorraladas, conquistadas, diezmadas y en algunos casos integradas a la nueva civilización criolla agrícola ganadera centralizada en la ciudad de Buenos Aires, la cual se desarrolló y consolidó recién en la segunda mitad del siglo XIX, al avanzar militarmente sobre las extensas tierras del sur bajo dominio mapuche-tehuelche mediante la llamada Conquista del Desierto, comandada por el general Julio Argentino Roca.

Las fracciones de estas culturas que colaboraron o se integraron al nuevo orden impuesto por la fuerza de las armas, aún hoy habitan en proporción considerable gran parte de la región de El Bolsón y la zona centro oeste de las provincias del Neuquén, Río Negro y Chubut y Santa Cruz, habiéndose producido un fuerte de cultura pero no de raza , y ya casi extinguido sus costumbres.

El registro histórico más antiguo que se conoce de un hombre blanco que haya transitado por la región, es el diario de viaje del capitán español Juan Fernández, quien a principios del año 1620 salió desde el actual territorio de Chile al mando de una expedición terrestre en busca de la mítica Ciudad de los Césares.

Al respecto, en algunos fragmentos de dicho testimonio, este expedicionario relataba:

De tal manera se entiende que este aventurero y sus seguidores han recorrido alguno de los valles de la región, en dirección norte-sur, desde el Lago Nahuel Huapi y al menos hasta el Puelo, pasando seguramente por el actual emplazamiento de la ciudad de El Bolsón.

Este pueblo no fue fundado por ningún conquistador, adelantado, explorador o descubridor. Simplemente esta región solo sirvió por mucho tiempo como lugar de paso a las migraciones de las comunidades tsonek, trashumantes en busca de caza y recolectores, y luego fue territorio netamente mapuche. Más tarde, con las primeras incursiones de los europeos en la región, también dio refugio temporario a quienes arreaban ganados vacunos y yeguarizos cruzando la cordillera en dirección este-oeste, y viceversa, de un litoral marítimo a otro, produciéndose frecuentes conflictos y desavenencias con los pobladores mapuches.

Finalizada la campaña militar del General Roca, financiada y estimulada por los ganaderos de la Pampa Húmeda, y luego de exterminar los últimos focos de resistencia de los pueblos originarios mapuches y tehuelches entre 1870 y 1880, llegan a poblar estos valles algunos inmigrantes alemanes, que la declaran durante un breve periodo la "República Independiente de El Bolsón". Tras mantener el valle cerrado por años, este fugaz estado se disuelve y empiezan a radicarse, además de familias argentinas, inmigrantes de otras nacionalidades, principalmente españoles, italianos o árabes.

En esos años Argentina y Chile dirimían litigios y acuerdos limítrofes. A fines del siglo XIX, Turquía ejercía un expansivista gobierno que expulsaba a todos aquellos que no aceptaran su opresión, así bajo pasaporte "turco", emigraron hacia el país árabes de El Líbano y Siria. Llegaron a la Argentina, y más precisamente a la región de la Patagonia occidental, en su gran mayoría buscando prosperidad económica. Ancestrales comerciantes y trocadores, los inmigrantes sirio-libaneses fueron con su intuición y visión comercial, además de italianos y españoles, anónimos fundadores de pueblos en esta zona. Como toda la región, El Bolsón también fue alcanzado por este fenómeno.

Se toma como la fecha fundacional de El Bolsón al 28 de enero de 1926, oportunidad en que se reúnen los lugareños en la casa de Cándido Azcona, resolviendo formar la primera organización político-administrativa, y firmando el acta constitutiva de la Comisión de Fomento de El Bolsón. Los integrantes electos fueron: Presidente Pedro Pascual Ponce, argentino, nacido en la Provincia de San Luis, maestro, informante ad honorem del Ministerio de Agricultura, Ganadería, Estadísticas y Censos de la Nación Argentina; vicepresidente Cándido Azcona, español del País Vasco, agricultor, comerciante; secretario Antonio Merino Rubio, español de Málaga, comerciante, agricultor; tesorero José Ulieldin, libanés, comerciante; protesorero Miguel Anden, libanés, comerciante.