Desde el siglo XVII, los religiosos encargados de la evangelización de las islas fueron los jesuitas, quienes establecieron un sistema llamado Misión circular para hacerse cargo de todas las comunidades evangelizadas. La Misión circular duraba 8 meses y significaba recorrer en total unos 4000 km en dalca y a pie, pero como debían visitar más de 80 sectores y hacer frente a las adversidades del clima, la estadía en cada capilla duraba solo un par de días y durante el resto del año la vida religiosa quedaba a cargo del fiscal. En los primeros años de la evangelización, las iglesias eran construcciones rústicas con techo de paja.

Por la necesidad de contar con más sacerdotes, la Compañía solicitó al Rey que se permitiera la presencia de jesuitas de nacionalidad diferente a la española. La solicitud fue aceptada y llegaron frailes procedentes de diferentes partes de Europa, sobre todo de Baviera, Hungría y Transilvania. Estos sacerdotes extranjeros fueron los que durante el siglo XVIII dieron impulso a la construcción de iglesias más perdurables que sus antecesoras. Ellos aportaron los diseños, inspirados en las iglesias de sus países, y parte de las técnicas de construcción. Por su parte, los carpinteros chilotes aportaron la mano de obra, los materiales y técnicas propias, muchas de las cuales estaban inspiradas en la construcción de navíos.

Después de la expulsión de los jesuitas, en 1767, la labor misionera quedó a cargo de los franciscanos; sin embargo, la construcción de templos siguió manteniendo los modelos iniciales y se creó una tradición arquitectónica mantenida a lo largo de tres siglos, llamada Escuela chilota de arquitectura religiosa en madera. Esta tradición evolucionó a través de los años, pasando de un estilo inicial muy adornado a otro, a mediados del siglo XIX, mucho más sobrio, que poseen cierta semejanza con el barroco y el neoclásico europeos.

A esta escuela pertenecen entre 60 y 150 de las más de 400 iglesias repartidas por el archipiélago. Algunas, como la de Quilquico, no han resistido el paso del tiempo y han caído o han debido ser demolidas, pero otras se han mantenido en pie por casi 300 años y son algunas de las construcciones en madera más antiguas que quedan en pie en el planeta. La necesidad de preservarlas hizo que 16 de ellas fueran declaradas Monumento Nacional y que en 1993, la Fundación Cultural Amigos de las Iglesias de Chiloé postulara a estos 16 templos como candidatos para ser Patrimonio de la Humanidad de la Unesco. Fueron declaradas como tales 14 de ellas en el año 2000, extendiéndose la inscripción a las 2 restantes (iglesias de Chelín y Caguach) al año siguiente.[1]​