Llamado originalmente el Kaiser-Friedrich-Museum en honor del emperador alemán Federico III, el museo fue cambiado de nombre en honor de su primer director, Wilhelm von Bode, en 1957.

A Bode le sucedió Theodor Demmler. La Segunda Guerra Mundial dañó gravemente la colección, que perdió muchas piezas y fue cerrado. Muchas obras fueron evacuadas (por angloestadounidenses y soviéticos) y sólo retornaron algunas entre 1955 y 1958, pero con las piezas distribuidas entre las dos partes de la ciudad. En 1991 se planteó la recuperación tras unirse las colecciones del Este y el Oeste, y en 2000 se ideó la unión con el Museo de arte bizantino.

Cerrado por restauraciones desde 1997, el museo fue reabierto el 17 de octubre de 2006. Ahora alberga su colección de esculturas, piezas de arte bizantino, además de monedas y medallas.

El 27 de marzo de 2017, el museo fue víctima de un robo espectacular tanto por su botín como por su aparente facilidad: una moneda gigante de oro de 24 quilates, de medio metro de diámetro y cien kilos de peso, fue sustraída en una intrusión de pocos minutos. La moneda se hallaba expuesta en préstamo de un coleccionista no revelado. Aunque los presuntos autores del robo fueron detenidos y sometidos a juicio desde enero de 2019, nada se sabe de la moneda. Estaba valorada en 4 millones de euros y procedía de una acuñación canadiense de seis ejemplares con la efigie de Isabel II de Inglaterra [1].