Después de la fase del «viejo Fuji», un período de inactividad de 4000 años y que acabó hace 5000, comienza la actual fase del «nuevo Fuji». Las erupciones del monte Fuji presentan corrientes de lava, emisiones de magma, de escorias y de ceniza volcánica, además de derrumbamientos y erupciones laterales, de donde viene el calificativo de «gran almacén de erupciones». Las cenizas del nuevo Fuji son a menudo negras y sus erupciones son recientes en términos de capas geológicas. Informaciones precisas se encuentran relatadas en los documentos históricos japoneses del s. VIII d. C.. Presentan una serie de erupciones representativas.[1]​

Ha habido cuatro erupciones explosivas que se produjeron durante el periodo Jomon, hace aproximadamente 3000 años, conocidas bajo los nombres: Sengoku (Sg), Ōsawa scoria (Hueso), Ōmuro scoria (Olmo) y Sunazawa scoria (Zn). Como el viento sopla generalmente del oeste en la región del monte Fuji, la mayoría de las tefras expulsadas cayeron en el este. Sin embargo, en el caso del Ōsawa scoria, fueron llevadas por un viento del este hacia los alrededores de Hamamatsu.

Hace aproximadamente 2300 años, la vertiente oriental del volcán se derrumbó y un lahar bajó hacia la región de Gotenba hasta el valle de Ashigara al este y la bahía de Suruga a través de la ciudad de Mishima al sur. Este incidente es conocido en la actualidad como la corriente de lava de Gotenba (御殿場泥流, Gotenba deiryū).

En el año 864 (durante el periodo Heian), una erupción que produjo una gran cantidad de lava se desarrolló sobre la vertiente nordeste del monte Fuji. La lava llenó el vasto lago Senoumi (せの海, Se no umi), dividiéndolo en dos y formando los actuales lago Sai (西湖, Saiko) y lago Shoji (精進湖, Shōjiko). Este acontecimiento se conoce con el nombre de lava de Aokigahara (青木ヶ原溶岩, Aokike gen yōgan). El lugar está actualmente cubierto por el denso bosque de Aokigahara.

La última erupción del monte Fuji, aconteció el 1707, y es conocida bajo el nombre de «gran erupción de Hōei». Aconteció 49 días después del terremoto de Hōei que figura entre los más grandes jamás registrados en Japón, se desarrolló sobre la vertiente suroccidental del monte Fuji y ha formado tres pequeños picos designados «primera», «segunda» y «tercera chimenea».

A pesar de no haber producido una corriente de lava, esta erupción destaca por la propagación de las cenizas volcánicas y de las escorias emitidas hasta una región tan alejada como Edo (antiguo nombre de Tokio) situada a cien kilómetros hacia el nordeste. El volumen de cenizas se estima en 800.000.000 m³. El año siguiente, los restos volcánicos acumulados en los campos cerca del curso del río Sakawa, situado al este de la montaña, fueron arrastradas por las lluvias, llenando el lecho del curso del agua y formando así barreras temporales. El aguacero del 7 y 8 de agosto provocó un alud de ceniza y de barro que destruyó las barreras, provocando entonces una inundación en la llanura de Ashigara.[4]​

Desde el año 781 se han registrado dieciséis erupciones, de las cuales, la mayoría han sido erupciones explosivas peleanas. La mayoría sucedieron durante el periodo Heian con doce erupciones entre el año 800 y el 1083. A veces, los periodos de inactividad pueden durar centenares de años como entre el 1083 y el 1511,[5]​ cuando no tuvo erupciones por 400 años. En la actualidad, no ha habido erupciones desde la erupción de Hoei en 1707-1708, hace unos 300 años.

La prevención de los riesgos eruptivos está asegurada por el Coordinating Committee fuero Prediction of Volcanic Eruptions dependiente de la Agencia meteorológica del Japón (気象庁, Kishōchō), en lo que concierne la previsión y el control sísmico de los acontecimientos; el Cabinet Office en lo que concierne a la creación de un plan de evacuación; y el Ministerio de Tierra, Infraestructura y Transporte (国土交通省, Kokudo-kōtsū-shō) para la protección contra los riesgos de corrimiento de tierras.

Así, entre septiembre de 2000 y el enero de 2001, las sacudidas telúricas bajo el volcán pasaron de ser una o dos al mes a 35 en septiembre, 133 en octubre, 222 en noviembre, 144 en diciembre y 36 en enero de 2001, haciendo temer lo peor, antes de que todo volviera a la normalidad. Estas sacudidas eran en su mayoría de baja frecuencia y se situaban a quince kilómetros de profundidad, al noreste de la cumbre.[6]​

La primera ascensión conocida al monte Fuji data del 663 y fue realizada por un monje budista anónimo. El primer no-japonés en subir el volcán fue Sir Rutherford Alcock en 1860.[7]​ La cumbre, a consecuencia de su naturaleza sagrada desde tiempos antiguos, estuvo prohibida a las mujeres hasta la era Meiji. Actualmente constituye un destino turístico popular y son muchos los japoneses que la suben al menos una vez al año.

Antiguamente los samuráis practicaban sus entrenamientos al pie del monte Fuji, cerca de la ciudad actual de Gotenba.[8]​ El shogun Minamoto no Yoritomo practicaba el yabusame en la región a comienzos del periodo Kamakura. Desde el 2006, las Fuerzas de Autodefensa del Japón (自衛隊, Jieitai) del ejército japonés se encuentran en los campos de Kita-Fuji (nordeste) y Higashi-Fuji (sudeste). También el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos posee bases militares al pie del volcán, en el Camp Fuji (llanura de Región de Kantō).[8]​