Aokigahara se formó de los torrentes de lava de las constantes erupciones del monte Fuji ocurridas entre los años 800 y 1083, siendo la erupción Jōgan, ocurrida en 864, la que más contribuyó a su formación, teniendo una duración de 10 días y abarcando parte de la bahía de Edo y la provincia de Kai.[1]​ La cantidad de lava emergida afectó a un antiguo lago en las cercanías llamado Senoumi (せの海), dividiéndolo en 3 lagos; Sai (西湖 Sai-ko) Shōji (精進湖 Shōji-ko) y Motosu (本栖湖 Motosu-ko).[2]​

En el Japón feudal del siglo XIX, cuando las hambrunas y las epidemias azotaban a la población, las familias más pobres abandonaban a su suerte a los niños y a los ancianos que no podían alimentar (véase ubasute). Por este motivo, surgieron historias que afirmaban que el bosque estaba encantado por los fantasmas de los que allí murieron.[3]​ Su fama como lugar de suicidio quizá se deba a que en 1960 se publicó la novela Nami no Tou, de Seicho Matsumoto, en la que al final de la obra dos amantes se suicidan en el bosque. Además, en 1993 se publicó El completo manual del suicidio, de Wataru Tsurumi, una guía para suicidarse donde recomienda este bosque como un lugar idóneo para quitarse la vida.[cita requerida]

En el año 2016 se estrenó la película de terror The Forest, inspirada en la historia reciente del bosque.