A raíz del Tratado de los Pirineos (1659) y, a petición del rey Luis XIV que desea asegurar los nuevos territorios fronterizos con España, Vauban, «Comisario general de Fortificaciones» diseña la fortaleza respondiendo a las exigencias militares, con un urbanismo práctico, presentando un aspecto sobrio, donde las actividades civiles se integren con la defensivas. La situación estratégica privilegiada (cruce entre el Conflent, Capcir y Cerdaña), determinará la elección definitiva del lugar.

En mayo de 1679, Vauban redacta y expide a François Michel Louvois, Secretario de Estado de Guerra, la instrucciones del proyecto junto a un documento preciso que regula los detalles de los trabajos, la organización de las obras y el coste laboral aproximado. El mapa propuesto aprovecha la topografía natural del lugar: pocas obras de protección sobre la zona este, protegida por un barranco natural del río Têt y numerosas defensas sobre el lado occidental, hacia la Cerdaña dónde el acceso es más fácil. Se concibió según un escalonamiento de cuatro zonas: la ciudadela, la ciudad alta, una ciudad baja y un reducto (estos dos últimos no se construyeron finalmente). En 1681 se terminan las obras de construcción, marcando la última frontera militar meridional francesa.

En 1793, Mont-Louis se convierte Mont-Libre, el rey de España Carlos IV, pretende recuperar las tierras y como respuesta la Convención le declara la guerra. La paz se firma el 1 de agosto de 1795, pero no es hasta el 24 de octubre de 1803, que Mont-Libre vuelve a ser Mont-Louis, siendo mientras tanto un mero depósito para el ejército de la Cerdaña.

Los últimos conflictos mundiales causaron una fuerte emigración de exiliados a Mont-Louis, convirtiéndose a la vez en un frecuentado lugar de paso, primero a consecuencia de la guerra civil española y posteriormente debido a la Segunda Guerra Mundial.