La mezquita en un sello de correos de Azerbaiyán.

Yukhari Govhar Agha significa «mezquita Superior Govhar Agha» en idioma azerí, refiriéndose a la ubicación de la mezquita en la sección superior de la ciudad de Şuşa y distinguirla de la mezquita Ashaghi Govhar Agha, mezquita del mismo nombre ubicada en la sección inferior de la ciudad.[1]​ Ambas mezquitas se consideran símbolos de Şuşa y obra maestra de la arquitectura oriental.[2]​[3]​ La mezquita Yukhari Govhar Agha se encuentra en la plaza principal de Şuşa, la calle Yusif Vazir Chamanzaminli y constituye una gran parte del complejo arquitectónico, que incluye una madrasa, tiendas y casas construidas por el mismo arquitecto.[4]​[5]​ Según el historiador y autor de Karabakh-name, Mirza Jamal Karabakhi, la construcción de la mezquita se inició por orden de Ibrahim Khalil Khan en 1768 (1182 según el calendario musulmán), pero se detuvo por un largo tiempo. La construcción fue reiniciada y completada en 1883-1885 por el arquitecto Karbalayi Safikhan Karabakhi ordenada por Govhar Agha, hija de Ibrahim Khalil Khan.