La primera fase de la construcción de la mezquita se inicia en 1597 por un decreto de Safiye Sultan, mujer del Sultán Murad III. Davut Aga, aprendiz del arquitecto imperial Mimar Sinan, fue elegido arquitecto de la mezquita puesto que desempeñó hasta su muerte en 1599. Tras su fallecimiento fue sustituido por Ahmed Cavus.

El proyecto tuvo que enfrentarse a varios problemas. El primero fue el rechazo de la clase política a la construcción del templo. El emplazamiento también originó controversia. La instalación cercana de Eminönü, primer centro comercial de la ciudad, habitado mayoritariamente por judíos. La comunidad judía vio la construcción como un intento de Safiye de extender la influencia islámica. Al final logró el apoyo de los comerciantes locales y extranjeros que competían con los judíos.

El gran gasto económico que supuso su construcción fue otro problema con el que se encontró el proyecto. El elevado coste de las obras recibió la crítica de la clase política en especial de los jenízaros que recelaban del poder, cada vez mayor, de la Valide sultan. Al final lograron que el proyecto se abandonara tras la muerte de Mehmed III. El nuevo sultán Ahmed I no tenía ningún interés en la finalización del proyecto después de que relegaran a Safiye al harem y la construcción fue abandonada.

La estructura existente fue deteriorándose hasta que quedó en ruinas siendo destruida en gran parte en un incendio en 1660. Ese mismo año Mustafa Aga, arquitecto imperial, sugirió a Turhan Hatice, madre del sultán Mehmet IV, terminar el proyecto como obra de piedad. La mezquita finalmente fue acabada en 1663, e inaugurada en 1665.