Hacia 270 a. C., el rey Arakamani/Ergamenes destruyó Napata y se trasladó a Meroe, que pasó a ser la capital. Aparecen en estos años varios reyes rivales, probablemente gobernando en Napata: Ardyamani, Imen Barkal, Iriqe-Pidye-qo y Sabraqamani.

Queda el recuerdo entre los historiadores romanos de enfrentamientos y tratados entre Roma y Meroe. Hacia el año 25 a. C., el rey de Meroe, que ahora volvía a residir en Napata, intentó conquistar la Tebaida y ocupó Elefantina y Siena, pero fue rechazado por Publio Petronio, que entró en Napata unos meses después de conquistar Dakka y Primis.

Entonces, la reina Candaces (Candacia, Kandako) o Amanirenas pidió un tratado de paz que le fue rechazado, y los romanos se llevaron miles de esclavos y botín. Finalmente la reina apeló por la paz a César Augusto, que se la concedió hacia el año 20 a. C., con lo que se estableció la frontera y el reino de Meroe (Nubia) quedó libre de tributo. Primis retornó a Meroe. Progresivamente, durante estos últimos siglos del milenio, el culto a Amani (Amón), el dios egipcio principal entre los nubios, fue substituido por el dios local Apedemak.

La conquista por Roma del Egipto provocó escaramuzas fronterizas e incursiones de Meroe más allá de las fronteras romanas. En el 23 a. C., en respuesta a un ataque nubio al sur de Egipto, el gobernador romano de Egipto, Publio Petronio, invadió Nubia para acabar con las incursiones meroíticas. Saqueó el norte de Nubia y Napata (22 a. C.) antes de regresar a su país. En represalia, los nubios cruzaron la frontera inferior de Egipto y saquearon muchas estatuas de las ciudades egipcias cercanas a la primera catarata del Nilo, en Asuán. Las fuerzas romanas recuperaron más tarde muchas de las estatuas intactas, y otras fueron devueltas tras el tratado de paz firmado en el 22 a. C. entre Roma y Meroe bajo Augusto y Amanirenas, respectivamente. Aunque una cabeza saqueada, de una estatua del emperador Augusto, fue enterrada bajo las escaleras de un templo. En la actualidad se conserva en el Museo Británico.[1]​

El siguiente contacto registrado entre Roma y Meroe se produjo en el otoño del año 61 d. C.. El emperador Nerón envió a este país un grupo de soldados pretorianos al mando de un tribuno y dos centuriones, que llegaron a la ciudad de Meroe, donde se les dio escolta, y luego remontaron el Nilo Blanco hasta toparse con los pantanos del Sudd. Esto marcó el límite de la penetración romana en África.[2]​

El periodo posterior a la expedición punitiva de Petronio está marcado por abundantes hallazgos comerciales en yacimientos de Meroe. L. P. Kirwan proporciona una breve lista de hallazgos en yacimientos arqueológicos de ese país.[2]​: 18f  El reino de Meroe comenzó a desvanecerse como potencia hacia el siglo I o II d. C., minado por la guerra con el Egipto romano y el declive de sus industrias tradicionales.[3]​

Meroë se menciona brevemente en el Periplus del Mar Eritreo del siglo I d. C:

Hacia el año 250 de nuestra era, la cultura hizo un cambio radical al entrar en el valle del Nilo pueblos de otros lugares identificados como grupo X. Se dejarán de erigir pirámides y surgirán los entierros en túmulos que se aprecian en el reino nubio de Ballana, donde los reyes están enterrados con sus servidores, caballos, camellos y burros. Parece que estos invasores podrían ser el origen de las tribus tobati que dominaron Nubia al comienzo de la era cristiana. Grupos nubios llamados blemios (predecesores de los actuales beja o begeyas), hicieron incursiones en territorio controlado por el imperio romano. Diocleciano los reconoció como federados (fœderatii) del Imperio. Sin embargo, ciudades como Prima, Foenicon, Ciris, Tafa y Talmis, al sur de Egipto, se rindieron a los atacantes.

En 298, Roma evacuó la zona fronteriza con Meroe (es decir, con la parte norte de Nubia). El reino nubio atacó unos años después al reino de Axum (en la actual Etiopía) y en el contraataque Meroe fue ocupada y el reino se hundió hacia el año 350, fraccionándose en estados menores. Sin embargo, en el siglo V, la Tebaida estaba tan devastada que el emperador Marciano tuvo que firmar un desfavorable tratado de paz en 451 con un rey de Nubia, puede que con el del reino de Nobatia, principal reino sucesor de Meroe.