Los primeros reyes del Congo de los que se tiene registro, en su correspondencia con los reyes de Portugal, se refieren a la ciudad con el nombre de "ciudad de Congo" (cidade de Congo), y el nombre de "São Salvador" aparece referido por primera vez en las cartas de Álvaro I (1568 a 1587), costumbre que fue continuada por sus sucesores, si bien habría sido el rey Alfonso I, monarca entre 1509 y 1542, quien había realizado el cambio formal de nombre.[1]​

En 1507, tras la muerte de João I,[1]​ se desarrolló en las inmediaciones de la ciudad una batalla por la sucesión del trono, en la que se enfrentaron Afonso (el hijo del fallecido monarca), y su medio hermano, Mpanzu a Kitima (o Mpanzu a Nzinga), saliendo victorioso el primero.

Cuando los portugueses llegaron al Congo, Mbanza Kongo ya era una gran ciudad, tal vez la más grande en toda el África subecuatorial. Un visitante a principios de 1491 comparó su tamaño al de la ciudad portuguesa de Évora. Durante el reinado de Afonso I, se construyeron varios edificios de piedra, entre ellos un palacio y varias iglesias. La ciudad creció considerablemente a medida que el reino del Congo se fue expandiendo: una declaración eclesiástica de la década de 1630 relataba que se habían realizado entre 4000 y 5000 bautismos en la ciudad y sus zonas inmediatamente aledañas (presumiblemente los valles que la rodean), lo cual es coherente con los datos que arrojan un total de 100.000 habitantes en la ciudad para esa época. De estos, unos 30.000 vivían en la montaña y el resto en los valles alrededor de la ciudad. Entre sus edificios importantes se contaban una docena de iglesias, incluyendo la catedral de San Salvador y capillas y oratorios privados, y un impresionante palacio real de dos pisos, el edificio único de esta naturaleza en todo el Congo, según el viajero Giovanni Francesco da Roma (1648).

La ciudad fue saqueada en varias oportunidades durante las guerras civiles que siguieron a la Batalla de Mbwila de 1665, la primera de ellas en 1668 y fue abandonada en 1678, tras ser arrasada por las tropas del pretendiente al trono Pedro III.[2]​ La urbe fue reocupada brevemente por los distintos príncipes en disputa, así: por Manuel I (con el apoyo de la Princesa de Soyo) en 1690, por Juan II en 1696 y un poco más tarde, ese mismo año, por Pedro IV. En los primeros años del siglo XVIII, el mismo Pedro IV del Congo, envió colonos a ocupar la antigua capital ahora abandonada, pero no fue sino hasta 1705, cuando se estableció un población estable, con los seguidores de la líder religiosa Beatriz Kimpa Vita, líder de la herejía antonianista. La ciudad fue restablecida como capital del Reino del Congo por Pedro IV en 1709. No volvió a ser despoblada, aunque su población fluctuó considerablemente entre los siglos XVIII y XIX.

Fue hasta después de la independencia de Angola en 1975 que se reemplazó el nombre portugués por el antiguo nombre bantú de la ciudad.[3]​