Hasta el siglo XVI, los Emperadores de Etiopía no vivían en una ciudad o capital administrativa. El emperador y su corte vivían en tiendas en campamentos reales temporales y se movían por todo el reino con la familia real, guardia real, cortesanos y servicio, dependiendo para su abastecimiento del grano de las poblaciones colindantes y de la leña de los bosques. La única excepción fue el reinado del Emperador Zara Yaqob que fundaría la ciudad de Debre Berhan en el año 1456, al ver una luz misteriosa en el cielo.

El Emperador Minas en el año 1559, es el primero de los reyes de Etiopía que empieza a pasar la estación de las lluvias cerca del Lago Tana, volviendo una y otra vez cada temporada al mismo lugar, que acabó transformándose en una ciudad floreciente. Los campamentos temporales también se desarrollaron, convirtiéndose en poco tiempo en ciudades como Emfraz, Ayba, Gorgora, y Dankaz.

Gondar fundada por el emperador Alam Sagad o Fasilidas en el año 1635, se desarrollaría como una ciudad mercado y agrícola. Había una superstición que afirmaba en aquella época que el nombre de la capital tenía que empezar con la sílaba 'Gʷa' (que en pronunciación moderna es 'Gʷe'; Gonder originalmente se llamaba Gʷandar), esto también contribuyó al desarrollo de Gorgora (fundada como Gʷargʷara), en los siglos posteriores al 1600. La tradición también afirma que un búfalo llevó al Emperador Fasilidas hasta un estanque cerca del que vivía un "anciano y venerable eremita" quien le dijo al Emperador que debía construir su capital en ese lugar. Fasilidas hizo que se rellenara el estanque y sobre él construyó su castillo.[1]​ El emperador también construyó un total de siete iglesias; las dos primeras, Fit Mikael y Fit Abbo, fueron construidas para agradecer el final de epidemias locales. Los siguientes cinco emperadores también construyeron sus palacios en la ciudad.

En el año 1668, como resultado de un consejo eclesiástico, el Emperador Yohannes I ordenó que los habitantes de Gondar fueran separados en dos barrios según su religión. Esto provocó que los musulmanes se establecieran en su propio barrio, Islamge (Ge'ez: እስላምጌ "Sitio del Islam," o "País del Islam ") o Islam Bet (እስላም ቤት "Casa del Islam,"), en los dos años siguientes.

Durante el siglo diecisiete, la población de la ciudad se estimaba en más de 60,000 habitantes y fue la segunda ciudad más grande del mundo por población.[2]​ En el año 1678, el obispo Hovannes de Armenia que visitaba la ciudad dijo de ésta que "era dos veces más grande que Estambul ".[3]​ Muchos de los edificios de este período aún existen, pese a que el siglo dieciocho fue una época de luchas y desórdenes civiles y la ciudad inició su decadencia.

La ciudad fue la capital de Etiopía hasta que el Emperador Teodoro II trasladó la capital imperial a Magadala (después de despoblar la ciudad por la fuerza y de destruir una gran parte de sus infraestructuras), tras de ser coronado Emperador en 1855. Abdallahi ibn Muhammad saqueó Gondar cuando invadió Etiopía en 1887. Gondar se desarrolló bajo la ocupación italiana; durante la Segunda Guerra Mundial, Las fuerzas Italianas se replegaron y defendieron en Gondar en noviembre de 1941 después de la caída de Adís Abeba en poder de las fuerzas del británicas.

Gondar fue capturada en marzo de 1991 por las fuerzas del Frente Democrático Revolucionario del Pueblo Etíope en la Operación Tewodros al final de la Guerra Civil de Etiopía.