La emperatriz Ana del Tirol (1585-1618), esposa de emperador Matías I, concibió la idea de un claustro monástico y una cripta que sirviesen para su enterramiento y el de su marido, en las cercanías del Palacio Imperial de Hofburg, en Viena. Con la intención de que fuese utilizada para este fin, la emperatriz hizo una donación económica en su testamento de 10 de noviembre de 1617, muriendo justo un año más tarde. Su esposo falleció un año después.

 La emperatriz Ana del Tirol, fundadora de la Cripta de los Capuchinos, en una miniatura de Alessandro Abondio.

La primera piedra fue puesta el 8 de septiembre de 1622 en presencia del emperador Fernando II. Después de un lento progreso causado por las distracciones de la Guerra de los Treinta Años, la iglesia fue consagrada el 25 de julio de 1632. En la Pascua del siguiente año, los sarcófagos con los restos del emperador Matías y la emperatriz Ana fueron trasladados con gran pompa a la que ahora recibe el nombre de Bóveda del Fundador.

El emperador Leopoldo I amplió la cripta en 1657 en el área situada bajo la nave de la iglesia, y su hijo, el emperador José I, hizo una nueva ampliación hacia el oeste en 1710, comenzando la bóveda que su hermano, el emperador Carlos VI, continuó hacia el oeste en 1720 y que se extiende bajo el coro. Por primera vez intervino un destacado arquitecto, Johann Lukas von Hildebrandt, en una ampliación de la cripta.

En 1754, la emperatriz María Teresa agrandó otra vez la cripta hacia el oeste, más allá de la propia iglesia, en el jardín del monasterio con una adición abovedada que admite la luz natural. La imponente cúpula y la cripta son obra del arquitecto Jean Jadot de Ville-Issey.

Durante el reinado de Francisco I, el arquitecto Johann Aman hizo una nueva adición al norte en 1824.

El monasterio que rodea la iglesia se encontraba en mal estado tras 200 años de servicio, y durante el reinado del emperador Fernando I, en 1840, el monasterio (pero no la iglesia) fue derribado y reconstruido. Como parte de aquel proyecto, el arquitecto Johann Höhne construyó la Bóveda Fernandina y la Bóveda Toscana en el sótano de la nueva estructura.

Como parte de las celebraciones por sus 60 años en el trono, el emperador Francisco José I encargó en 1908 al arquitecto Cajo Perisic construir otra cámara de mausoleos y una capilla al este de la de Francisco I y de la Bóveda Fernandina.

Hacia 1960 era obvio que el deterioro de las tumbas se debía al ambiente caluroso y húmedo de la cripta, por lo cual se tomaron medidas para remediarlo y poder así conservar los sarcófagos para las futuras generaciones. El arquitecto Karl Schwanzer construyó la llamada Bóveda Nueva (al norte de Toscana, la Bóveda Fernandina y la de Francisco José) con puertas metálicas, obra del escultor Rudolf Hoflehner. Esta obra añadió aproximadamente un 20% de espacio a la cripta, utilizado para una redistribución masiva de las tumbas en las bóvedas.

La pequeña bóveda original albergaba, junto a las tumbas de los dos fundadores, otra en la que se encontraba una docena de niños con el nombre de Bóveda de los Ángeles. Aquellas tumbas fueron trasladadas a unos nichos recién construidos en la pared delantera de la Bóveda Leopoldina.

Tumbas seleccionadas de otras varias bóvedas fueron trasladadas a la Bóveda Nueva y agrupadas por temas: obispos, antepasados directos del último emperador y familia inmediata del archiduque Carlos de Austria-Teschen, vencedor de Aspern. Otras treinta y siete tumbas, de algunos menores y miembros menores de la familia, fueron distribuidas en nichos creados en la Bóveda Fernandina. Así, la mitad aproximadamente de todas las tumbas fueron trasladadas de las bóvedas originales a sitios más ordenados como parte de aquella gran reorganización.

En 2003 otro proyecto hizo la cripta accesible a las personas con discapacidad, y abrió puertas antes no usadas, de modo que la ruta del visitante fuera más fácil. La cripta entera fue también dotada de aire acondicionado para prevenir el deterioro de las tumbas.