Vista de Praga desde el Clementinum.

Su historia se remonta a la existencia de una capilla dedicada a San Clemente en el siglo XI. En la Edad Media se fundó un monasterio dominicano, que se transformó en 1556 en un colegio jesuita. En 1622 los jesuitas transfirieron la biblioteca de la Universidad Carolina al Clementinum, y el colegio se fusionó con la Universidad en 1654. Los jesuitas permanecieron allí hasta 1773, cuando la Emperatriz María Teresa I de Austria creó en el Clementinum un observatorio, una biblioteca y una universidad.

La Biblioteca Nacional se fundó en 1781 y desde 1782 el Clementinum fue una biblioteca con depósito legal. En 1918 la recién creada Checoslovaquia se hizo cargo de la biblioteca. Desde 1990, ha albergado la Biblioteca Nacional. Contiene una colección de Mozart, materiales pertenecientes a Tycho Brahe y Comenius, así como ejemplares históricos de la literatura checa. Arquitectónicamente, es un ejemplo notable de arquitectura barroca. El Clementinum, con una superficie de 20 000 metros cuadrados, es el segundo complejo de edificios más grande de Praga, tras el castillo de Praga.

Durante varios años, antes de 2006, había un debate sobre la posibilidad de expandir el espacio para futuras colecciones de la biblioteca, ya que se esperaba que el espacio en los actuales edificios del Clementinum alcanzara su límite en 2010. El 10 de enero de 2006, las autoridades de Praga decidieron vender los edificios, que eran propiedad de la ciudad y están situados en la zona Letná, cerca del centro de Praga, a la Biblioteca Nacional. En la primavera de 2006, se efectuó un concurso de arquitectura internacional para el nuevo edificio. El arquitecto que ganó la competición fue Jan Kaplický, pero su diseño ganador tenía problemas que había que solucionar, por lo que la Biblioteca Nacional Checa aún está esperando el proyecto final.