Fue la tercera sede de la capital de la Capitanía General de Guatemala que comprendía a los actuales Estados de Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica, así como Chiapas en México. Luego de la destrucción por inundación de la segunda ciudad el 11 de septiembre de 1541, ubicada en el Valle de Almolonga (barrio de San Miguel Escobar en Ciudad Vieja, Sacatepéquez en el siglo xxi) en las faldas del Volcán de Agua —a donde había sido llevada tras abandonar el primer asentamiento en Iximché (Tecpán), en 1527-. El 27 de septiembre se eligió una comisión de dos alcaldes y once ciudadanos para que inspeccionaron el área y recomendaran un nuevo lugar para trasladar allí la ciudad, y a los dos días retornaron y asegurando que el sitio idóneo era el Valle de Tianguecillo, a donde ordenó el cabildo que se mudaran los pobladores.[1]​ Pero, antes de que se realizara el traslado, arribó el ingeniero Juan Bautista Antonelli, constructor de ciudades y villas, quien recomendó que la ciudad fuera trasladada al Valle de Panchoy —o Valle del Tuerto—, porque «en él se aparta el peligro de los volcanes, que nunca podrán inundarla, está resguardada del Norte, con los cerros que la rodean; tiene abundancia de aguas, que naciendo muy altas corren por este valle sobre la faz de la tierra, y se pueden encañar y llevar fácilmente a todas partes; que dicho terreno es llano, y por esto cómodo para la formación de las plazas, calles y casas; y tan dilatado, que por mucho aumento que tome la Ciudad, tendrá suelo donde extenderse, hasta ocho, o nueve leguas de circunvalación. [Además], que dicho sitio en todos tiempos está bañado de Sol, y es tan fértil, que todo el año se ve cubierto de hierba, y por esta parte es bueno para apacentar bestias y ganados. [Finalmente], en sus inmediaciones hay gran proporción para fabricar tejas, ladrillo y adobes, que en los cerros que rodean el valle se encuentran canteras a distancia de dos o tres millas; y no lejos se halla la cal y el yeso.»[2]​

La nueva ciudad fue construida a partir de 1543 en el Valle de Panchoy, y establecida como cabecera de la Real Audiencia de Guatemala en 1549.[3]​ Durante su desarrollo y esplendor fue conocida como una de las ciudades más hermosas de las Indias Españolas. La ciudad se trazó en forma rectilínea, con las calles orientadas de norte a sur y de este a oeste, con una plaza central. Para los edificios eclesiásticos y de gobierno fueron designados lugares importantes alrededor de la plaza central;[4]​ a esta plaza también se le llamó Plaza Mayor, Plaza Real y Plaza de Armas. Entre 1549 y 1563, las propiedades al sureste de la plaza mayor fueron vendidas a la corona y ocupadas por el primer presidente de la Real Audiencia de los Confines: el licenciado Alonso López Cerrato. quien además fungió como gobernador y capitán general.[4]​[a]​ El edificio que se construyó originalmente era pequeño de artesonado con portal, techo de teja y paredes de adobe. La ciudad estaba rodeada por tres volcanes, montañas, planicies y cerros; a este territorio se le llamó «Valle de Guatemala» y contaba con setenta y tres pueblos, dos villas y la propia ciudad de Santiago de los Caballeros.[5]​

Debido a los constantes problemas entre los conquistadores y los representantes de la corona enviados por el rey de España, la Audiencia de los Confines se suprimió en 1565.[b]​ En 1570 se reinstauró la audiencia, esta vez independiente del virrey de México y se le llamó Audiencia de Guatemala.[6]​

Los monjes franciscanos fueron los primeros en mudarse al valle de Panchoy, la capital del Capitanía General de Guatemala y construyeron una capilla en el solar en el que posteriormente se construyó la iglesia de la Escuela de Cristo. Esta capilla fue destruida en 1575 por un terremoto y durante los siguientes diez años se hicieron colectas para construir el nuevo complejo, a dos cuadras del anterior.[c]​ El complejo franciscano se convirtió en un importante centro cultural y religioso para todo la Capitanía General de Guatemala: teólogos, juristas, filósofos, físicos y matemáticos estudiaron en su colegio de San Buenaventura, que estaba ubicado en donde actualmente están las ruinas del monasterio. En el colegio también estudiaron Cristóbal de Villalpando, Tomás de Merlo y Alonso de Paz.[6]​

La primera edificación de una iglesia catedral fue iniciada el año de 1545 con los escombros traídos del destruido asentamiento en el valle de Almolonga;[7]​ su construcción fue entorpecida por los frecuentes sismos a lo largo de los años.

La ciudad fue la última morada del cronista español Bernal Díaz del Castillo, quien también fue sepultado en una de las iglesias; también se conserva la que fue su última residencia y otros sitios históricos coloniales.

La construcción de las Casas Reales para la residencia del capitán general y los oidores de la Real Audiencia de los Confines se inició en 1558. En el lugar se ubicaban la Caja Real, la cárcel, el cuartel del Batallón de Dragones, la Sala de Armas, las casas de habitación de los oidores y cabellerizas huertos y bodegas.[4]​

La Iglesia, Convento y Colegio de la Compañía de Jesús fue creada a través de Real Cédula del 9 de agosto de 1561. Esta manzana jesuítica, donada en parte por el cronista Bernal Díaz del Castillo, comprendía tres claustros y un templo, y vivían en él por lo menos doce jesuitas.[9]​

En el siglo xvi ocurrieron varios terremotos de consideración en las siguientes fechas: 21 de marzo de 1530, 11 de septiembre de 1541, 1565, 1575, 30 de noviembre de 1577 y 23 de diciembre de 1585[10]​

Los jesuitas fundaron el colegio de San Lucas de la Compañía de Jesús en 1608, el cual adquirió gran fama y no tenía rival en cuanto a la enseñanza de primeras letras y gramática; a él asistió lo más florido de la sociedad de Santiago, tales como Francisco Antonio Fuentes y Guzmán, el cronista Francisco Vázquez y Pedro de Betancourt.[11]​

El 18 de julio de 1626 se inauguró el templo de la Compañía de Jesús, el cual sufrió continuas renovaciones debido a los constantes terremotos que azotaron a la ciudad durante los siglos xvi a xviii.[9]​

Los religiosos de San Juan de Dios fundaron su convento en 1636 y a partir de entonces estuvieron a cargo de los hospitales en el Capitanía General de Guatemala.[12]​ Los hospitales eran: San Alejo —para indígenas—, San Pedro —para eclesiásticos—, Santiago —para españoles y mulatos—, San Lázaro. Este último fue entregado a los Hermanos de San Juan de Dios en 1667 por los dominicos que lo habían administrado hasta entonces y en 1685, San Alejo y Santiago se unieron, formando el hospital de San Juan de Dios.[13]​

El templo de la Escuela de Cristo fue fundado en la parroquia de Nuestra Señora de los Remedios en 1664 y desde 1689 era conocido como la congregación de San Felipe de Neri.[14]​ Por su parte, alrededor de 1690 los jesuitas fundaron otro colegio: el «San Francisco de Borja», en donde luego estudió y fungió como rector el poeta y sacerdote Rafael Landívar, S.J..[15]​

En el siglo xvii había dos tipos de monjas: descalzas y urbanistas.[16]​

El Santo Hermano Pedro llegó a tierras guatemaltecas en 1650 procedente de su natal Tenerife; al apenas desembarcar sufrió una grave enfermedad, durante la cual tuvo la primera oportunidad de estar con los más pobres y desheredados. Tras su recuperación quiso realizar estudios eclesiásticos pero, al no poder hacerlo, profesó como terciario franciscano en el Convento de San Francisco en Santiago de los Caballeros. Fundó centros de acogida para pobres, indígenas y vagabundos y también fundó la Orden de los Hermanos de Nuestra Señora de Bethlehem en 1656, con el fin de servir a los pobres.[17]​ Por otro lado, fue el primer alfabetizador de América y la Orden de los Betlemitas, a su vez fue la primera orden religiosa nacida en el continente americano; El Santo Hermano Pedro fue un hombre adelantado a su tiempo, tanto en sus métodos para enseñar a leer y escribir a los analfabetos como en el trato dado a los enfermos.[17]​

El 7 de abril de 1669 el templo original de lo que después sería la Catedral de Antigua Guatemala, fue demolido y un segundo santuario fue inaugurado en 1680 bajo la dirección de Juan Pascual y José de Porres,[18]​ existiendo también constancia de que en su reconstrucción trabajó el ingeniero e imaginero español Martín de Andújar Cantos.

En 1660 llegó a Santiago de los Caballeros de Guatemala el impresor José de Pineda Ibarra, contratado por los eclesiásticos guatemaltecos. Trabajó en impresión, encuadernación y en compra y venta de libros. Murió en 1681, y heredó la imprenta a su hijo Antonio, quien la siguió operando hasta su muerte en 1721.

El primer obispo de Guatemala, Francisco Marroquín, envió al Monarca Español una carta en 1548, en que solicitó la fundación de una universidad en la Ciudad de Guatemala, esta solicitud no tuvo respuesta. Hacia el final de su vida, en 1562, Marroquín decidió dejar en su testamento un caudal para fundar un colegio, el de Santo Tomás de Aquino, en donde se impartieran cátedras de gramática, artes o filosofía y teología. Los beneficiarios de esta obra pía sería los hijos de españoles pobres, ya que estos no podían trasladarse a ciudades donde había universidades reales, como México. La heredad del obispo ha sido interpretada también como el origen de la universidad. Sin embargo, el prelado tenía muy clara la diferencia entre un colegio -residencia de estudiantes, con o sin cátedras- y un a universidad o Estudio General, donde se otorgaban grados. Al respecto, el historiador John Tate Lanning afirma que: «Este testamento es tan bien conocido que algunos que ni siquiera lo han visto han leído en él muchas cosas que no están allí. En ninguna parte menciona Marroquín una universidad, mucho menos declara intención de establecer alguna...»[19]​ Lo que sí está documentado es que el alcalde Pedro Crespo Suárez al morir, donó veintemil pesos para la institución de cátedras de la universidad «que se está gestionando».[20]​

Los jesuitas se interpusieron a la fundación de la Universidad, ya que no les parecía que los mercedarios, franciscanos y dominicos tomaran la iniciativa en cuestiones religiosas y educativas.[20]​ Después de varias décadas, alegatos y peticiones, el rey Carlos II expidió una real cédula, con fecha de 31 de enero de 1676, que dio licencia a la capital del Capitanía General de Guatemala para fundar una universidad real o «Estudio General» —como también se les denominaba a las universidades durante la colonia española. Esta sería la tercera universidad real y pública de la América hispánica, y la segunda en la Nueva España.[f]​ Después de un conflictivo proceso de organización, cinco años después de expedida la cédula real, la Universidad de San Carlos inició las lecciones de cinco de sus nueve cátedras, el 7 de enero de 1681, con más de sesenta estudiantes matriculados y siendo el Rector el Doctor José de Baños y Soto Mayor, arcediano de la Catedral, Predicador del Rey de España y Doctor de la Universidad de Osuna.[20]​ La universidad fue inaugurada bajo el patrocinio de San Carlos Borromeo, dictando sus estatutos don Francisco Saraza y Arce, copia de los de México que, a su vez, eran adaptación de los de la Universidad de Salamanca en España.

Algunos de los catedráticos electos no tomaron posesión de sus sillas, debido a sus ocupaciones como procuradores y su pronta salida del reino, otros porque consideraron que su nueva categoría, como "interinos" y no como "propietarios" de la cátedra, no eran digna de su prestigio, y uno más, el catedrático de medicina, nunca llegó a Guatemala porque se encontraba en la Real Universidad de México leyendo otra cátedra. La constitución universitaria exigía la libertad de cátedra, asimismo obligaba a que se leyesen doctrinas filosóficas contrarias para motivar la dialéctica y la discusión de ideas.

La universidad San Carlos de Guatemala recibió la aprobación papal por bula del 18 de junio de 1687, diez años después de su fundación y seis años después de que comenzaran las clases.

Para 1678 el Palacio de los Capitanes Generales ya era un edificio de dos niveles, con portal y columnas de madera y con techo de teja con alero.[4]​

Tanto la capilla como el convento de San Francisco fueron expandidos durante el siglo xvii; en 1684 la estructura fue reforzada y logró resistir el terremoto de 1691. Una nueva iglesia franciscana fue construida por Diego de Porres e inaugurada en 1702.

En 1685 dos misioneros de los monjes recoletos llegaron a la ciudad de Santiago de los Caballeros, y cuando algunos monjes de la orden llegaron en las años siguientes, le pidieron permiso al Ayuntamiento -autoridades locales elegidas por los criollos guatemaltecos- para construir un monasterio; pero en 1695, el Ayuntamiento les hizo saber que no había suficientes frailes para justificar la construcción y que además ya había suficientes monasterios en la ciudad. Ante esta negativa, los frailes se dirigieron a la Audiencia (autoridades enviadas por el Rey de España) la cual sí autorizó la construcción en 1700, por un decreto real.[21]​ En 1701 se inició la construcción de los edificios, y seis años después se colocó la primera piedra de la iglesia. En 1708 se completaron el convento, la biblioteca y la enfermería. La iglesia de La Recolección fue inaugurada el 23 de mayo de 1717.[21]​

En el siglo xvii ocurrieron varios terremotos de consideración el 13 de febrero de 1651, el 4 de marzo de 1679 y el 12 de febrero de 1689.[10]​

El 5 de agosto de 1717 fue consagrada la imagen de Jesús Nazareno de la Merced; la imagen fue traslada a la Iglesia de Nuestra Señora de las Mercedes en la zona 1 de la Ciudad de Guatemala, en 1776. Años antes, la ciudad de Santiago de los Caballeros había sufrido los embates de los terremotos de San Miguel 1717, los cuales dañaron la estructura de la ciudad.[21]​[14]​

Los terremotos más fuertes que vivió la ciudad de Antigua Guatemala antes de su traslado definitivo en 1776 fueron los terremotos de San Miguel en 1717. El 27 de agosto hubo una erupción muy fuerte del Volcán de Fuego, que se extendió hasta el 30 de agosto; los vecinos de la ciudad pidieron auxilio al Santo Cristo de la catedral y a la Virgen del Socorro que eran los patronos jurados contra el fuego del volcán. El 29 de agosto salió la Virgen del Rosario en procesión después de un siglo sin salir y hubo muchas más procesiones de santos hasta el día 29 de septiembre, día de San Miguel; los primeros sismos por la tarde fueron leves, pero a eso de las 7 de la noche se produjo un fuerte temblor que obligó a los vecinos a salir de sus casas; siguieron los temblores y retumbos hasta las cuatro de la mañana. Los vecinos salieron a la calle y a gritos confesaban sus pecados, pensando lo peor.[23]​

Los terremotos de San Miguel dañaron la ciudad considerablemente. El Real Palacio sufrió daños en algunos cuartos y paredes. También hubo un abandono parcial de la ciudad, escasez de alimentos, falta de mano de obra y muchos daños en las construcciones de la ciudad; además de numerosos muertos y heridos.[23]​ Estos terremotos hicieron pensar a las autoridades en trasladar la ciudad a un nuevo asentamiento menos propenso a la actividad sísmica; los vecinos de la ciudad se opusieron rotundamente al traslado, e incluso tomaron el Real Palacio en protesta al mismo. Al final, la ciudad no se movió de ubicación, pero el número de elementos en el Batallón de Dragones para resguardar el orden fue incrementado considerablemente.[24]​ El propio capitán general Francisco Rodríguez de Rivas -que gobernó de 1717 a 1724- donó de sus propios fondos para reconstruir el oratorio de San Felipe Neri y la parroquia de El Calvario.[25]​[26]​

Los daños en el palacio fueron reparados por Diego de Porres, quien los terminó de componer en 1720; aunque hay indicios de que hubo más trabajos de Porres hasta 1736.[4]​

La construcción del convento e iglesia de Nuestra Señora del Pilar de Zaragoza fue aprobada por Felipe V en 1725 justo cuando llegaron las monjas de la Orden de Clarisas Capuchinas a la población.[27]​ La obra fue iniciada en 1731 y consagrada el año de 1736 bajo la supervisión de Diego de Porres. Fue el último convento fundado en la ciudad y después pasó a llamarse Convento de las Capuchinas.[28]​

La reconstrucción ocurrió en 1730 bajo la dirección del arquitecto Mayor Diego de Porres. Su fachada ostenta una arquitectura renacentista y es fabricada de piedra, como la iglesia de las Capuchinas, característica que las diferencia de los demás templos de la localidad.[14]​

El terremoto del 29 de septiembre de 1717 dejó inhabitable el edificio del colegio de San Lucas de los jesuitas; el sismo partió la torre y destruyó la portada dejando esta última a dos tercios de su altura. El maestro mayor de obras de la ciudad, Diego de Porres, comprobó los daños que tenía la edificación y calculó que se necesitarían entre cinco mil y seis mil pesos para repararla. Tres años después, los jesuitas ya habían reconstruido el edificio y, de acuerdo al Maestro mayor de obras, estaba mucho más bello que la construcción original.[29]​

La iglesia principal de la ciudad obtuvo rango de Catedral Metropolitana en 1743, constituyéndose como la más lujosa de Centroamérica en ese tiempo.[7]​

Los sismos continuaron y el 4 de marzo de 1751 el terremoto de San Casimiro dañó la ciudad nuevamente.[21]​ en ese oportunidad, el Palacio Real sufrió cuantiosos daños y hubo de ser reconstruido totalmente. El encargado de la reconstrucción fue el arquitecto mayor Luis Diez de Navarro, a quien las autoridades de la corona española le solicitaron que el edificio se asemejara al edificio de la sede del poder criollo de Guatemala, el Ayuntamiento, y que tuviera un portal de columnas de piedra con cúpulas en cada sector de intercolumnio, además de ser abovedado el techo del conjunto.[30]​

El terremoto de San Casimiro también dañó completamente el cimborrio de la iglesia de la Compañía de Jesús, obligando nuevamente a los jesuitas a solicitar la ayuda de los fieles de la comunidad para rehacer el edificio, que nuevamente quedó catalogado como uno de los más hermosos de toda Guatemala.[29]​

Un período de prosperidad comienza después del terremoto y la ciudad se beneficia de diferentes obras públicas entre las que se encuentran el empedrado de calles y la fabricación de acueductos para traer agua potable. El perímetro de la Plaza Mayor se arregla, incluyéndose el Palacio del Ayuntamiento, cuya construcción se concluyó entre 1765 y 1768, y de la Audiencia. El 17 de julio de 1753 concluyen las obras de renovación del empedrado del patio del templo de la Compañía de Jesús.[29]​ El arquitecto Juan de Dios Estrada estuvo a cargo de la construcción de la Iglesia de La Merced desde 1749 y el templo de estilo ultrabarroco guatemalteco fue inaugurado en 1767 y cuenta con dos torres-campanarios.

En 1754, en virtud de una Real Cédula parte de las Reformas Borbónicas, todos los curatos de las órdenes regulares fueron traspasados al clero secular.[31]​

En 1765 se publicaron las reformas borbónicas de la Corona española, que pretendían recuperar el poder real sobre las colonias y aumentar la recaudación fiscal.[32]​[33]​ Con estas reformas se crearon los estancos para controlar la producción de las bebidas embriagantes, el tabaco, la pólvora, los naipes y el patio de gallos. La real hacienda subastaba el estanco anualmente y un particular lo compraba, convirtiéndose así en el dueño del monopolio de cierto producto. Ese mismo año se crearon cuatro subdelegaciones de la Real Hacienda en San Salvador, Ciudad Real, Comayagua y León y la estructura político administrativa del Reino de Guatemala cambió a quince provincias:[34]​

Además de esta redistribución administrativa, la corona española estableció una política tendiente a disminuir el poder de la Iglesia católica,[35]​ el cual hasta ese momento era prácticamente absoluto sobre los vasallos españoles. La política de disminución de poder de la iglesia se basaba en la Ilustración y tenía seis puntos principales: declive del legado cultural jesuítico, tendencia hacia una cultura laica y secularizada, actitud decididamente racionalista, de herencia cartesiana, valoración de la ciencia natural sobre el dogma religioso, una crítica al papel de la Iglesia dentro de la sociedad y de sus organismos derivados, sobre todo de las cofradías y hermandades,[36]​ y favorecimiento del regalismo.

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