Ο ναός ιδρύθηκε το 1236 από τον Μιτσίιε Κουτζό (九条道家) (1192–1252), ο οποίος ήθελε να κατασκευάσει στο Κιότο έναν βουδιστικό ναό ισοδύναμο σε μεγαλείο με τους βουδιστικούς ναούς Τοντάι-τζι και Κοφούκου-τζι στη Νάρα. Οι εργασίες κατασκευής των κτηρίων του ναού Τοφούκου-τζι διήρκεσαν πάνω από 30 έτη.[1][2]Τα διάφορα κτίσματα του ναού καταστράφηκαν αρκετές φορές στο πέρασμα των αιώνων και έγινε ανακατασκευή τους. Στον ναό τοποθετήθηκε ένα άγαλμα του Βούδα ύψους 15 μέτρων. Η αίθουσα, όπου θα στεγαζόταν το άγαλμα του Βούδα, ξεκίνησε να κατασκευάζεται το 1239 και ολοκληρώθηκε το 1255. Το άγαλμα καταστράφηκε το 1319 λόγω πυρκαγιάς. Έγινε ανακατασκευή του τον 14ο αιώνα και καταστράφηκε ξανά το 1881 λόγω φωτιάς. Εξαιτίας της φωτιάς του 1881 καταστράφηκαν αρκετά κτήρια του ναού μεταξύ των οποίων είναι το Μπουτσουντέ, το Χότζο, το Χάττο και το Κούρι. Αυτά τα κτήρια κατασκευάστηκαν ξανά κατά την περίοδο Μεϊτζί ενώ άλλα κτήρια όπως η πύλη Σάνμον, το Τόσου (τουαλέτα), το Γιοκουσίτσου (λουτρό) και το Ζέντο (αίθουσα διαλογισμού) δεν κάηκαν και έχουν ανακηρυχθεί ως εθνικοί θησαυροί.[2]Το Τοφούκου-τζι διατηρήθηκε και ενισχύθηκε από σημαντικές πολιτικές προσωπικότητες, όπως ο Ασικάγκα Γιοσιμότσι, ο Τογιοτόμι Χιντεγιόσι και ο Τοκουγκάβα Ιεγιάσου, οι οποίοι τον κατέστησαν ως τον μεγαλύτερο ναό του Ζεν βουδισμού στο Κιότο.[1]Το Τοφούκου-τζι το επισκέπτονται ιδιαίτερα το Φθινόπωρο λόγω της εξαιρετικής φυσικής ομορφιάς του κήπου, που έχει έκταση πάνω από 2000 τ.μ. Οι επισκέπτες πρέπει να πληρώσουν εισιτήριο, για να πάνε στη γέφυρα Τσουτέν-κυο (通天橋), που συνδέει την αίθουσα Χόντο με την αίθουσα Καϊσάντο, απ' όπου μπορούν να δουν καλύτερα τον κήπο. Το Καϊσάντο και οι κήποι του ανακατασκευάστηκαν κατά την περίοδο Έντο. [3][4]