Όταν τελείωσε η Εποχή του Χαλκού οι Φοίνικες ίδρυσαν αποικία στη Θήρα, ο Ηρόδοτος γράφει ότι αποκαλούσαν το νησί "Καλλίστη" και έζησαν οχτώ γενιές.[1] Τον 9ο αιώνα π.Χ. εγκαταστάθηκαν στο νησί οι Δωριείς, την ίδια εποχή που έγινε η Κάθοδος των Δωριέων στη Νότια Ελλάδα. Ο αρχηγός των οικιστών ήταν ο Θήρας γιός του βασιλιά της Θήβας Αυτεσίωνα και απόγονος του Κάδμου, η αδελφή του Αργεία είχε παντρευτεί τον Αριστόδημο, γενάρχη των βασιλικών δυναστειών των Δωριέων που εγκαταστάθηκαν στην Αρχαία Σπάρτη. Ο Απολλώνιος ο Ρόδιος που έζησε τον 3ο αιώνα π.Χ. στην αυλή των Πτολεμαίων της Αιγύπτου έγραψε για τη Θήρα έναν σοβαρό θρύλο. Ο Εύφημος πήρε από τα χέρια του Τρίτωνα τον βώλο γης, κάτι που σήμαινε ότι οι απόγονοί του θα πήγαιναν στην Κυρηναϊκή, έριξε τον βώλο στο Αιγαίο πέλαγος και από αυτόν δημιουργήθηκε η Θήρα.

Οι Δωριείς άφησαν έναν μεγάλο αριθμό από επιγραφές σε λίθο που υποδηλώνει τις Γενετήσιες σχέσεις στην αρχαία Ελλάδα ανάμεσα στους συγγραφείς των επιγραφών και των ερωμένων τους. Ο Φρειδερείκος Χίλλερ φον Γκέρτρινγκεν που βρήκε τις επιγραφές κατέληξε στο συμπέρασμα ότι δημιουργήθηκαν τελετουργικά, οι τεχνίτες που τις κατασκεύασαν ήταν επαγγελματίες και δεν ήταν οι συγγραφείς των επιγραφών. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο μετά από επτά χρόνια ξηρασίας η Θήρα έστειλε εποίκους στη Βόρεια Αφρική που ίδρυσαν πολλές πόλεις, ανάμεσα τους την Κυρήνη.[2] Η Θήρα ήταν το μοναδικό νησί από τις Κυκλάδες που αρνήθηκε τον 5ο αιώνα π.Χ. να συμμαχήσει με την Αρχαία Αθήνα και να εισέλθει στη Συμμαχία της Δήλου, όταν ξέσπασε ο Πελοποννησιακός Πόλεμος δήλωσαν σύμμαχοι της Σπάρτης λόγω Δωρικής καταγωγής. Οι Αθηναίοι την κατέλαβαν αλλά μετά την ήττα τους στη Μάχη στους Αιγός Ποταμούς (404 π.Χ.) αναγκάστηκαν να την παραδώσουν. Στην Ελληνιστική περίοδο έγινε η κύρια ναυτική βάση για τους βασιλείς της Αιγύπτου από τη Δυναστεία των Πτολεμαίων.

Το 726 μ.Χ. έγινε έκρηξη στη βορειοανατολική πλευρά της Παλαιάς Καμένης και εμφανίστηκε νέο νησί, το οποίο γρήγορα ενώθηκε με αυτήν. Η έκρηξη θεωρήθηκε ως δείγμα θεϊκής οργής κατά του Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Λέοντος Γ΄ του Ισαύρου, ο οποίος ήταν εικονομάχος. Οι αντίπαλοι του αυτοκράτορα χρησιμοποίησαν το γεγονός για να υποκινήσουν εξέγερση, η οποία τελικά εκδηλώθηκε το 727, τόσο στις Κυκλάδες όσο και στην υπόλοιπη Ελλάδα, καθώς και στη Βενετία. Αρχηγός της επανάστασης ήταν ο τουρμάρχης της Ελλάδας Αγαλλιανός και ο Στέφανος. Οι επαναστάτες όρισαν άλλο αυτοκράτορα, έναν Κρητικό που ονομαζόταν Κοσμάς, και πλεύσανε προς την Κωνσταντινούπολη. Ο στόλος καταστράφηκε με το υγρό πυρ, στις 18 Απριλίου του 727, ενώ από τους αρχηγούς της επαναστάσεως, ο μεν Αγαλλιανός ρίχτηκε στη θάλασσα, οι δε Στέφανος και Κοσμάς παραδόθηκαν και αποκεφαλίσθηκαν.[3][4]

Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, ο Μάρκος Σανούδος, ίδρυσε το δουκάτο του Αιγαίου με έδρα τη Νάξο (1207). Τα υπόλοιπα νησιά που περιλάμβανε το Δουκάτο του Αιγαίου ή Δουκάτο της Νάξου ήταν η Σύρος, η Κίμωλος, η Μήλος, η Ίος, η Θήρα και η Ανάφη. Η Θήρα και η Θηρασία παραχωρήθηκαν στον Ιάκωβο Μπαρρότσι και παρέμειναν στην οικογένεια αυτή, με μικρά διαλείμματα, ως το 1480. Τότε η Θήρα δόθηκε ως προίκα από το δούκα της Νάξου Ιάκωβο Γ΄ Κρίσπι στην κόρη του Φιορέντσα και στον σύζυγό της Δομίνικο Πιζάνι, γιο του δούκα της Κρήτης. Το νησί, λίγο μετά το θάνατο του Ιακώβου Κρίσπι, καταλήφθηκε από τον αδελφό του Ιωάννη και προσαρτήθηκε στη Νάξο. Κατά τους χρόνους της άλωσης της Κωνσταντινούπολης από τους Οθωμανούς, πολλές ελληνικές χώρες παρέμεναν κάτω από λατινική κυριαρχία.

Κατά το 1537 η Θήρα, ακολουθώντας τη μοίρα και των άλλων νησιών του Αιγαίου, δέχτηκε τις επιδρομές του Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα. Ο Μπαρμπαρόσα απέσπασε την Κέα, τη Μύκονο και τη Θήρα από τη λατινική κυριαρχία και ανάγκασε τους δυνάστες των νησιών να αναγνωρίσουν την επικυριαρχία του Σουλτάνου. Η Θήρα περιήλθε τελικά στους Τούρκους το 1566, με εξαίρεση το καστέλι του Ακρωτηρίου, το οποίο πέρασε στα χέρια των Τούρκων το 1617. Όταν το 1579 πέθανε ο Ισπανοεβραίος Ιωσήφ Νασί, στον οποίο είχαν παραχωρηθεί οι Κυκλάδες από την Υψηλή Πύλη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, οι νησιώτες έστειλαν πρεσβεία στο σουλτάνο Μουράτ Γ΄(1574 – 1595) για να ζητήσουν χορήγηση προνομίων. Στους απεσταλμένους των νησιών ανήκαν και εκπρόσωποι της Σαντορίνης. Με ορισμό που εκδόθηκε το 1580, στα νησιά των Κυκλάδων παραχωρήθηκαν σημαντικά προνόμια, τα οποία ανανεώθηκαν το 1628 – 1629 και αργότερα. Το καθεστώς των προνομίων βοήθησε στην οργάνωση συστήματος αυτοδιοίκησης και στην ανάπτυξη εμπορικής δραστηριότητας σε αυτά.

Παρά το άγονο έδαφος και τους καταστρεπτικούς σεισμούς που έπλητταν το νησιωτικό σύμπλεγμα της Σαντορίνης – όπως επικράτησε να ονομάζεται κατά τη Βενετοκρατία – παρουσίασε επίδοση στη γεωργία και στη ναυτιλία. Το 1770 ο πληθυσμός του νησιού έφθανε τους 9.000 και όπως προκύπτει από το ποσό του φόρου που κατέβαλλε το νησί, πρέπει να ήταν ευπορότερο σε σύγκριση με τα άλλα νησιά. Στις αρχές του 19ου αιώνα η οικονομική ευρωστία του νησιού συνεχιζόταν, όπως επίσης και η επίδοση στο ναυτικό. Το 1807, κατά τη ναυτολογία που πραγματοποίησε η Πύλη για την αντιμετώπιση των αναγκών της στη διάρκεια του Ρωσοτουρκικού πολέμου, η Θήρα υποχρεώθηκε να αποστείλει στον τουρκικό ναύσταθμο 50 ναύτες, όσους δηλαδή και η Μύκονος, γεγονός που φανερώνει τη μεγάλη ανάπτυξη του ναυτικού του νησιού. Ανάπτυξη παρατηρήθηκε επίσης κατά τα τελευταία χρόνια της τουρκοκρατίας και στην παιδεία, ενώ η μονή του Προφήτη Ηλία στο νησί αποτέλεσε ένα από τα σημαντικότερα μοναστηριακά κέντρα των Κυκλάδων.

Στα τέλη Απριλίου του 1821, μετά από παραγγελία του Αλ. Υψηλάντη, οι Θηραίοι έστειλαν στις Σπέτσες 71 ναύτες με έναν ιερέα και τον προεστώτα Νικόλαο Δεκαζά για να υπηρετήσουν στα σπετσιώτικα πλοία που ήδη είχαν αρχίσει τον επαναστατικό αγώνα.[5] Στις 5 Μαΐου του 1821, κατά την εορτή της πολιούχου του νησιού Αγίας Ειρήνης, ο καπετάνιος Ευάγγελος Ματζαράκης, επίτροπος του Αλ. Υψηλάντη, σήκωσε τη σημαία της επανάστασης στη Σαντορίνη. Μετά από αυτό οι κάτοικοι έδιωξαν τον αρχιεπίσκοπο Ζαχαρία από την αρχιεπισκοπή του επειδή κατά την τελετή της κήρυξης της Επανάστασης καθόταν ήσυχος στο σπίτι του και γι'αυτό θεωρήθηκε από μερικούς τουρκόφιλος. Αργότερα λαϊκοί και κληρικοί, βεβαιώνοντας την αγάπη του προς το λαό και την πατρίδα, ζήτησαν την επάνοδό του, κάτι που έγινε δεκτό από τον κυβερνήτη Υψηλάντη.[6]

Μετά την απελευθέρωση της Σαντορίνης και την ένταξή της στο νεοσύστατο Ελληνικό κράτος το 1830, έφτασαν και εγκαταστάθηκαν στο νησί οικογένειες Μικρασιατών που έδωσαν σημαντική ώθηση στην οικονομία και τον πολιτισμό. Κύριες οικονομικές δραστηριότητες της εποχής ήταν το εμπόριο και η ναυτιλία. Το 1852, η Σαντορίνη, με 7.222 κατοίκους είναι το δεύτερο σημαντικότερο εμπορικό κέντρο μετά τη Σύρο στις Κυκλάδες, με συναλλαγές κυρίως με τη Ρωσία, η οποία είναι η κύρια χώρα εισαγωγής σαντορινιού κρασιού. Μια άλλη σημαντική πηγή εισοδήματος ήταν η καλλιέργεια αγροτικών προϊόντων και ιδίως η παρασκευή κρασιού.[7]

Το ηφαίστειο της Σαντορίνης άρχισε να εκρήγνυται τις 26 Ιανουαρίου 1866. Πριν την έκρηξη παρατηρήθηκε αύξηση της θερμοκρασίας των νερών κοντά στη νέα Καμένη. Η έκρηξη περιλάμβανε την έκχυση λάβας και τη δημιουργία δόμων.[8] Ένας σεισμός 6,1 ρίχτερ έλαβε χώρα τις 30 Ιανουαρίου και προκάλεσε ζημίες σε 50 σπίτια και δύο εκκλησίες. Σύμφωνα με τη βιβλιογραφία η έκρηξη τελείωσε τις 15 Οκτωβρίου 1870.[9] Η έκρηξη έλαβε χώρα στο κρατήρα του Αγ. Γεωργίου και της Αφρόεσσας, δημιούργησε τις νησίδες του Μαΐου που σήμερα έχουν καταβυθιστεί,[8] και τριπλασίασε την έκταση της παλαιάς Καμένης.[10]

Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή εγκαταστάθηκαν στο νησί οικογένειες Μικρασιατών προσφύγων. Στη Σαντορίνη είχαν εγκατασταθεί και μετά το 1830 πολλοί Μικρασιάτες καθώς το νησί ήταν πλέον ελληνικό και παρείχε ασφάλεια, ενώ και οι σχέσεις των Κυκλάδων με τα παράλια της Μικράς Ασίας ήταν στενές από τα αρχαία ακόμα χρόνια. Οι 548 Μικρασιάτες, άνδρες γυναίκες και παιδιά, εγκαταστάθηκαν σε διάφορους οικισμούς του νησιού όπως ο Βόθωνας, η Έξω Γωνιά, το Ημεροβίγλι, η Θήρα (τα Φηρά), το Μεγαλοχώρι, η Μεσσαριά, η Οία και ο Πύργος.[11]

Στις 28 Ιουλίου 1925 παρατηρήθηκαν σεισμικές δονήσεις, προειδοποιώντας τους κατοίκους ότι μια έκρηξη επίκειται. Στην περιοχή των Κόκκινων Νερών, ανάμεσα στις νησίδες Νέα και Μικρή Καμένη, η θερμοκρασία της θάλασσας αυξήθηκε και η θάλασσα άλλαξε χρώμα. Η έκρηξη ξεκίνησε τις 25 Αυγούστου με φρεατικές εκρήξεις, ενώ αργότερα παρατηρήθηκαν εκρηκτικές στήλες με ηφαιστειακή στάχτη που έφτασε σε ύψος 3,5 χιλιομέτρων. Η δραστηριότητα επικεντρώθηκε στον ηφαιστειακό δόμο Δάφνη, από όπου εκχύθηκε λάβα και οδήγησε στην ένωση της Νέας και τη Μικρή Καμένη. Η πρώτη φάση της έκρηξης τελείωσε το 1926. Ένας δεύτερος, μικρότερος δόμος που σχηματίστηκε σε νέα έκρηξη το 1928 πήρε το όνομα Ναυτίλος.[8][12] Το ηφαίστειο εξερράγει ξανά το 1939, και δημιούργησε τους δόμους Τρίτωνα, Κτενά κα Φουκέ και τις ροές λάβας Σμιθ, Ρεκ και Νίκης. Η έκρηξη τελείωσε τον Ιούλιο του 1941.[8] Η πιο πρόσφατη έκρηξη του ηφαιστείου έλαβε χώρα από τις 10 Ιανουαρίου 1950 μέχρι 2 Φεβρουαρίου του ίδιου χρόνου και δημιούργησε το δόμο του Λιάστικα. Αυτά τα ηφαιστειακά πετρώματα είναι τα πιο πρόσφατα που δημιουργήθηκαν στην Ελλάδα.[8]

Κατά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η Σαντορίνη καταλήφθηκε πρώτα από Ιταλικές (το 1941) και έπειτα, το 1943, από Γερμανικές δυνάμεις κατοχής. Στις 9 Ιουλίου 1956 σημειώθηκε κοντά στην Αμοργό σεισμός μεγέθους 7,8 ρίχτερ, ο οποίος ήταν ο ισχυρότερος που έλαβε χώρα στην Ευρώπη κατά τον 20ο αιώνα. Ο κύριος σεισμός, μαζί με ένα μετασεισμό 6,9 ρίχτερ που ακολούθησε 12 λεπτά αργότερα, προκάλεσαν εκτεταμένες καταστροφές σε Σαντορίνη, Αστυπάλαια, Ανάφη, Κάλυμνο, Λέρο, Αμοργό και Πάτμο[13], 53 θανάτους, καθώς και ένα από τα μεγαλύτερα τσουνάμι στο Αιγαίο, με ύψος μέχρι 25 μέτρα.[14] Μετά αυτό το γεγονός μεγάλο μέρος του πληθυσμού έφυγε από το νησί. Τη δεκαετία του 1960 άρχισε να αναπτύσσεται ο τουρισμός στη Σαντορίνη, φτάνοντας στο αποκορύφωμα του στα μέσα της δεκαετίας του 1980. Από τότε ο τουρισμός στο νησί γνωρίζει συνεχή ανάπτυξη, έχοντας καταστήσει πλέον τη Σαντορίνη σε ένα από τους δημοφιλέστερους τουριστικούς προορισμούς σε διεθνές επίπεδο. Οι κρουαζιέρες ξεκινούν στο νησί από τον Μάρτιο και συνεχίζονται μέχρι και τέλη Νοεμβρίου, έχοντας επεκτείνει χρονικά πολύ την τουριστική περίοδο. Τους καλοκαιρινούς μήνες περισσότερα από 30 με 40 έκτακτες πτήσεις (τσάρτερς) από κάθε γωνιά του κόσμου προσγειώνονται στο αεροδρόμιο του νησιού.

Είναι χαρακτηριστικό ότι ακόμη και τους χειμερινούς μήνες οι επισκέψεις τουριστών στο νησί δεν σταματούν, ιδιαίτερα από χώρες της Ασίας. Η τεράστια τουριστική ανάπτυξη της Σαντορίνης είναι φυσικό να έχει αλλοιώσει και τον χαρακτήρα του νησιού. Εκατοντάδες νέα κτίσματα έχουν κάνει την εμφάνιση τους παντού και οι περίφημες αγροτικές καλλιέργειες του νησιού και οι αμπελώνες του έχουν περιοριστεί κατά πολύ σε έκταση, δίνοντας τη θέση τους σε πολυτελείς ξενοδοχειακές μονάδες, μπαρ, εστιατόρια κλπ.

Στη Σαντορίνη μεγάλος αριθμός μπαρ και νυχτερινών κέντρων λειτουργεί χωρίς τις απαιτούμενες πολεοδομικές ή υγειονομικές άδειες, δημιουργώντας προβλήματα στους μόνιμους κατοίκους του νησιού.[εκκρεμεί παραπομπή]

Το 2020 το Υπουργείο Τουρισμού ξεκίνησε την καμπάνια ευαισθητοποίησης «Plastic-free Santorini» για την προώθηση της μείωσης αλόγιστης χρήσης πλαστικού, κάνοντας έτσι τη Σαντορίνη το πρώτο ελεύθερο από πλαστικό νησί των Κυκλάδων.[15]