Αρχαιολογικές έρευνες έχουν βεβαιώσει ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή ακόμη και από την παλαιολιθική εποχή. Στους ιστορικούς χρόνους η περιοχή κατοικήθηκε από Γαλατική φυλή (Séquanes). Οι Ρωμαίοι που κατέκτησαν το χωριό ανέπτυξαν την καλλιέργεια της αμπέλου και την παραγωγή κρασιού.

Κατά τον Μεσαίωνα, οι Δούκες της Αλσατίας έκτισαν εδώ ένα κάστρο (τον 11ο αιώνα) γύρω από το οποίο αναπτύχθηκε ο υπάρχον σήμερα οικισμός. Το χωριό θεωρείται ως ο τόπος όπου γεννήθηκε ο Πάπας Ρώμης Λέων Θ'.

 Η κεντρική πλατεία με την εκκλησία του Λέοντος Θ΄ και η κρήνη με το άγαλμά του

Ο Λέων Θ'(1002-1054) διετέλεσε Πάπας Ρώμης από το Φεβρουάριο του 1049 μέχρι το θάνατό του τον Απρίλιο του 1054. Ως Πάπας σχετίσθηκε με το Σχίσμα του 1054, καθώς όντας επικεφαλής της εκκλησίας της Ρώμης έστειλε αντιπροσωπεία στην Κωνσταντινούπολη  με   Λεγάτο τον καρδινάλιο της Σίλβα Κάντιντα Ουμβέρτο, ο οποίος κατέθεσε τον Ιούλιο του 1054 στην Αγία Τράπεζα της Αγίας Σοφίας  βούλα που αναθεμάτιζε τον πατριάρχη Μιχαήλ Κηρουλάριο(1043-1059), παρόλο ότι ο Πάπας είχε πεθάνει από τον προηγούμενο Απρίλιο. Αυτή του η πράξη σε συνδυασμό με τον αναθεματισμό του Ουμβέρτου και της ακολουθίας του από τον Πατριάρχη οριοθετεί τον επίσημο χωρισμό μεταξύ της Ανατολικής και της Δυτικής Χριστιανικής  Εκκλησίας. Καθώς ο Λέων Θ' αγιοποιήθηκε από την Καθολική Εκκλησία, στην κεντρική πλατεία του Εγκισάιμ υπάρχει ναός του Αγίου Λέοντος Θ'.