Το αρχιπέλαγος της Ινδονησίας, ειδικότερα το νησί Ιάβα, κατοικήθηκε από τον Homo erectus περίπου 1.500.000 χρόνια πριν έως και 35.000 χρόνια πριν[1][2][3]. Ο σύγχρονος άνθρωπος (Homo Sapiens) πρέπει να έφτασε στην Ινδονησία πριν περίπου 45.000 χρόνια.[4]

Οι Αυστρονήσιοι, οι οποίοι αποτελούν την πλειονότητα του σύγχρονου πληθυσμού, μετανάστευσαν στη Νοτιοανατολική Ασία από την Ταϊβάν. Έφτασαν στην Ινδονησία περίπου το 2000 ΠΚΕ και εξαπλώθηκαν στο αρχιπέλαγος, με αποτέλεσμα οι ιθαγενείς Μελανήσιοι να μετακινηθούν σε ανατολικότερες περιοχές. Οι ιδανικές συνθήκες καλλιέργειας και η ανάπτυξη της τεχνικής της καλλιέργειας ρυζιού σε ορυζώνες τον 8ο αιώνα ΠΚΕ οδήγησε στην ακμή των χωριών, πόλεων και βασιλείων τον πρώτο αιώνα ΚΕ. Η στρατηγική θέση της Ινδονησίας ώθησε στην ανάπτυξη εμπορίου, μεταξύ άλλων των μπαχαρικών, συνδέοντας μεταξύ άλλων τα βασίλεια της Ινδίας και την Κίνα μέσω δρόμων που εγκαθιδρύθηκαν αρκετούς αιώνες ΠΚΕ. Το εμπόριο έχει παίξει καθοριστικό ρόλο στην ινδονησιακή ιστορία. Ο ινδουισμός και ο βουδισμός Μαχαγιάνα έφτασαν στην Ινδονησία τον 4ο και 5ο αιώνα, καθώς το εμπόριο με την Ινδία εντατικοποιήθηκε κατά την εποχή της νότιας δυναστείας Παλλάβα στην Ινδία.

Από τον 7ο αιώνα, το ισχυρό βασίλειο Σριβιτζάγια άνθησε ως αποτέλεσμα του εμπορίου και επηρεάστηκε από τον Ινδουισμό και τον Βουδισμό. Ανάμεσα στον 8ο και στο 10ο αιώνα, οι αγροτικές δυναστείες Σαϊλέντρα (βουδιστές) και Ματαράμ (ινδουιστές) άκμασαν και παρήκμασαν στην ενδοχώρα της Ιάβας, αφήνοντας πίσω σπουδαία θρησκευτικά μνημεία όπως το Μπορομπουντούρ, το Σαϊλέντρα και το Πραμπανάν ή Ματαράμ. Το ινδουιστικό βασίλειο Ματζαπαχίτ ιδρύθηκε στην ανατολική Ιάβα στο τέλος του 13ου αιώνα, και υπό τον Γκάνταχ Μάντα, η επιρροή του εξαπλώθηκε σε μεγάλο τμήμα της Ινδονησίας[5]. Αν και μουσουλμάνοι έμποροι ταξίδευαν στη Νοτιοανατολική Ασία από την αρχή της ισλαμικής περιόδου, τα παλαιότερα στοιχεία μουσουλμανικών πληθυσμών στην Ινδονησία χρονολογούνται από το 13ο αιώνα στη βόρεια Σουμάτρα. Σταδιακά, και άλλες περιοχές ασπάστηκαν το Ισλάμ ενώ ήταν η κυρίαρχη θρησκεία στη Σουμάτρα και στην Ιάβα μέχρι το τέλος του 16ου αιώνα.

Η πρώτη τακτική επαφή ανάμεσα σε Ευρωπαίους και Ινδονήσιους ξεκίνησε το 1512, όταν Πορτογάλοι έμποροι, με αρχηγό τον Φρανσίσκο Σερράο προσπάθησαν να μονοπωλήσουν το εμπόριο γαριφάλων και άλλων μπαχαρικών από τις Μολούκες. Ακολούθησαν Ολλανδοί και Βρετανοί έμποροι. Το 1602, οι Ολλανδοί εγκαθίδρυσαν την Ολλανδική Εταιρεία Ανατολικών Ινδιών (VOC) και έγιναν η κύρια ευρωπαϊκή δύναμη. Μετά τη χρεωκοπία της, οι Ολλανδικές Ανατολικές Ινδίες διαλύθηκαν το 1800 και η κυβέρνηση της Ολλανδίας εγκαθίδρυσε τις Ολλανδικές Ανατολικές Ινδίες ως εθνικοποιημένη αποικία.

Από τις αρχές του 20ού αιώνα σε πολλά νησιά εκδηλώνονταν εξεγέρσεις ενάντια στις ξένες αρχές. Έπειτα από ένα σύντομο διάστημα κατοχής από την Ιαπωνία κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, οι Ινδονήσιοι με αρχηγό το Σουκάρνο κήρυξαν την ανεξαρτησία της χώρας το 1945 και ο Σουκάρνο διορίστηκε ο πρώτος πρόεδρος της Ινδονησίας. Μετά από τετραετείς συγκρούσεις (Ινδονησιακή Επανάσταση) με τους Ολλανδούς, οι οποίοι προσπάθησαν να επανακάμψουν στην περιοχή μετά τον πόλεμο, πέτυχαν την αναγνώριση του κράτους τους ως ενιαίου και ανεξάρτητου (1949). Η εξουσία του Σουκάρνο άλλαξε από δημοκρατική σε απολυταρχική και κατάφερε να παραμείνει στην εξουσία ισορροπώντας ανάμεσα στον στρατό και το κομμουνιστικό κόμμα της Ινδονησίας. Το 1965 ένα πραξικόμημα εναντίον του κατεστάλλη από τον στρατό και οδήγησε σε εκτεταμένες αντικομμουνιστικές δράσεις, διαλύοντας το κομμουνιστικό κόμμα. Ο στρατηγός Σουχάρτο κατάφερε να παραγκωνίσει τον αποδυναμομένο Σουκάρνο και να γίνει πρόεδρος το 1968, επιβάλλοντας τη Νέα Τάξη, η οποία υποστηρίχθηκε από τις ΗΠΑ και προσέλκυσε ξένες επενδύσεις με αποτέλεσμα την οικονομική ανάπτυξη λίγων στην Ινδονησία και τη φτωχοποίηση του λαού. Όμως η απολυταρχική Νέα Τάξη κατηγορήθηκε για διαφθορά και καταστολή της αντιπολίτευσης.

Η Ινδονησία ήταν η χώρα που επλήγη περισσότερο από την ασιατική οικονομική κρίση το 1997 με το ΑΕΠ να κατρακυλά στα 34 δισεκατομμύρια δολάρια από τα 205 δισεκατομμύρια δολάρια που ήταν πριν,[6]

με αποτέλεσμα λαϊκές εξεγέρσεις που οδήγησαν τον Σουχάρτο να παραιτηθεί.[7] Το 1999, το Ανατολικό Τιμόρ ψήφισε να αποσχιστεί από την Ινδονησία μετά από 25χρονη στρατιωτική κατοχή[8]. Τον Ιανουάριο του 1999 θρησκευτικές διαμάχες ξέσπασαν στα νησιά των Μολούκων ανάμεσα στους μουσουλμανικούς και χριστιανικούς πληθυσμούς, κυρίως στο Άμπον και τη Χαλμαχέρα. Οι διαμάχες θεωρούνται ότι έληξαν τις 13 Φεβρουαρίου 2002. Στη μετά Σουχάρτο εποχή, η δημοκρατία ενισχύθηκε και το 2004 πραγματοποιήθηκε η πρώτη άμεση εκλογή προέδρου. Η πολιτική και οικονομική αστάθεια, πολιτική αναταραχή, διαφθορά και τρομοκρατία επιβράδυναν την πρόοδο, αλλά τα τελευταία πέντε χρόνια η οικονομία της χώρας είναι ισχυρή.