Το 2004 γιορτάστηκαν τα 750 χρόνια από την απόκτηση της Χάρτας Δικαιωμάτων (Stadsrechten) του Άλκμααρ, που είχε δοθεί στην πόλη από τον Βίλεμ ΙΙ κόμη της Ολλανδίας στις 11 Ιουνίου 1254. Το Άλκμααρ εκείνο τον καιρό λειτουργούσε ως συνοριακό οχυρό και ορμητήριο στον αγώνα κατά της Δ. Φριζίας. Το 1492 ήταν από τις πόλεις που συμμετείχαν στην εξέγερση εναντίον του Γιαν φαν Έχμοντ (Kaas-en Broodvolk).

Το καλοκαίρι του 1517 λεηλατήθηκε από τον ηγέτη των Φριζίων, Άρουμερ Ζβάρτε Χόοπ και το 1572 οι Φραγκισκανοί ιερείς της πόλης συνελήφθησαν, βασανίστηκαν και θανατώθηκαν για την πίστη τους από τους Καλβινιστές. Στην ιστορία πέρασαν ως οι Μάρτυρες του Άλκμααρ. Το 1573, κατά τη διάρκεια του Ογδοηκονταετούς Πολέμου την πόλη πολιόρκησαν ανεπιτυχώς οι Ισπανοί, χάρη στη σθεναρή αντίσταση των κατοίκων.

Στα χρόνια των Γαλλικών Επαναστατικών Πολέμων, το Άλκμααρ ήταν η πρωτεύουσα της τότε νεοδημιουργημένης επαρχίας Βόρειας Ολλανδίας, που εκείνο τον καιρό είχε την ονομασία Διαμέρισμα του Τέξελ.

Το μεγάλο Βορειοολλανδικό Κανάλι (Noordhollandsch Kanaal) άνοιξε το 1824 και πέρασε ακριβώς μέσα από την πόλη. Το 1865 και το 1867 η υποδομή της πόλης διευρύνθηκε σημαντικά με την κατασκευή του σιδηροδρόμου προς το Χάαρλεμ και το Ντεν Χέλντερ.