Μετά την κατάληψη της Σαραγόσα το 1118 από τον Αλφόνσο Α΄ της Αραγωνίας, η Αλχαφερία έγινε η κατοικία των χριστιανών βασιλέων του βασιλείου της Αραγωνίας και ως τέτοιο μετατράπηκε στο κύριο σημείο εστίασης για τη διάδοση της μουδέχαρ αρχιτεκτονικής στην Αραγωνία. Ήταν τόπος γέννησης της αγίας Ελισάβετ της Πορτογαλίας το 1271. Χρησιμοποιήθηκε ως βασιλική κατοικία από τον Πέτρο Δ΄ της Αραγωνίας και έτσι έλαβαν χώρα τροποποιήσεις σε αυτούς τους θαλάμους του παλατιού των Καθολικών Μοναρχών το 1492. Το 1593, το κτίριο ανακαινίστηκε άλλη μία φορά και μετατράπηκε σε στρατιωτική βάση, πρώτα σύμφωνα με αναγεννησιακά σχέδια (τα οποία σήμερα παρατηρούνται στην τάφρο και τους κήπους) και αργότερα σε στρατιωτικό αρχηγείο. Έλαβαν χώρα αρκετές τροποποιήσεις και ζημιές στο κτίριο, με κυριότερη από την πολιορκία της Σαραγόσας κατά τον Ιβηρικό πόλεμο μέχρι που τελικά αποκαταστάθηκε στο δεύτερο μισό του 20ού αιώνα και σήμερα στεγάζει το Κόρτες ή νομοθετική συνέλευση της αυτόνομης κοινότητας της Αραγωνίας.

Στην αρχική κατασκευή υπάρχουν επιπλέον επάλξεις στο ανοικτό πεδίο που περιβάλλει της Αλχαφερία. Με την επέκταση της Σαραγόσας στο πέρασμα του χρόνου, το κτίριο βρέθηκε μέσα στην πόλη, και μάλιστα ένας αυτοκινητόδρομος περνάει μερικά μέτρα μακριά.