Bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts stand der Westen der Insel Hispaniola als Saint-Domingue (die Perle der Antillen) unter der Kolonialmacht Frankreichs. Sie galt als eine der reichsten Kolonien in der Karibik und war für die Versorgung Frankreichs mit Kaffee, Zuckerrohr und Mahagoniholz verantwortlich. Während der Revolutionszeit in Frankreich brach 1791 dort ein Sklavenaufstand aus, der sich in der Folge zu einem wirren Kampf alle gegen alle entwickelte, bei dem sich sowohl königstreue und republikanische Franzosen, afrikanischstämmige Sklaven, als auch die intervenierenden Engländer und Spanier bekriegten. Diese Auseinandersetzungen konnten letztendlich aber die Sklaven für sich entscheiden, als sie 1802 eine 32.000 Mann starke, republikanische Armee unter Napoleon Bonapartes Schwager General Leclerc in die Flucht schlagen konnten. 1804 erklärte Saint-Domingue unter dem Namen Haiti als erste Kolonie seine Unabhängigkeit von Frankreich. Da die Franzosen nach ihrer schmählichen Niederlage drohten, sich dafür zu rächen und Haiti wieder unter ihre Kolonialmacht zu stellen, befahl der damalige Brigadegeneral, ein brillanter Stratege und spätere König Haitis, Henri Christophe, 1805 eine Festung zu errichten, die die Bevölkerung in Zukunft vor feindlichen Übergriffen schützen sollte.

Der Bau der Zitadelle dauerte 15 Jahre. Bis zum Jahr ihrer Fertigstellung 1820 waren dort ca. 20.000 Arbeiter beschäftigt, von denen viele bei Unfällen starben. Um die – meist unter Zwang – rekrutierten Arbeiter zu Höchstleistungen anzuspornen, ließ Henri Christophe verbreiten, dass jene, die beim Bau der Festung sterben, sofort in das Paradies der alten afrikanischen Heimat eingehen würden. Nach dem Tod Henri Christophes, der bei seinem Volk äußerst unbeliebt war, wurde sein Leichnam von seinem Gefolge in die Festung gebracht, mit Ätzkalk überzogen und im Innenhof bestattet, damit die Leiche nicht geschändet werden konnte. Da die Franzosen keine Versuche mehr unternahmen, Haiti zurückzuerobern, musste sich La Ferrière nie in einer Belagerung bewähren.

Aufgrund der Ernennung zum Weltkulturerbe ist sie bis heute – als Museumspark geführt – sehr gut erhalten geblieben und trotzte auch Naturgewalten wie Erdbeben und Stürmen.