Archäologische Funde (Pfeilspitzen, Keramikscherben) sprechen für eine steinzeitliche Besiedlung der Gegend. Über die Nutzung des Passes in der Antike und im Mittelalter ist nichts Genaues bekannt.

1872 wurde die Passstraße, heute Teil der Strada Statale 242 di Val Gardena e Passo Sella, fertiggestellt. Die erste Herberge (Rifugio Carlo Valentini, 2218 m) am Sellajoch, in der vorwiegend Handelsreisende untergebracht waren, wurde 1884 von Carlo Valentini unterhalb der Passhöhe gebaut. 1903 folgte das Sellajochhaus (2180 m; erbaut vom Deutschen und Österreichischen Alpenverein), ein weiterer Gasthof (Maria Flora, 2240 m) wurde 1934 errichtet. Alle drei Unterkünfte bestehen nach Umbau noch und werden heute touristisch genutzt.

Am 14. Juli 1946 war das Sellajoch Schauplatz einer Großkundgebung der Ladiner (mit über 3000 Teilnehmern) zugunsten eines Anschlusses ihrer Täler und ganz Südtirols an Österreich.[1][2]

Die erste Seilbahn aus dem Ersten Weltkrieg diente der Truppenversorgung. Mit dem Aufschwung des Tourismus in den Dolomiten Mitte der 1950er Jahre entstanden weitere Liftanlagen, Wanderwege, Klettersteige sowie Skipisten.