Die Brauerei wurde im Jahr 1839 unter dem Namen Bürgerliches Brauhaus gegründet. Der Bayer Josef Groll wurde 1842 zum ersten Braumeister berufen. Das Bürgerliche Brauhaus wurde in den folgenden Jahren ständig erweitert. Im Jahre 1860 reichte das Filialcomité zu Pilsen für das Bürgerliche Brauhaus in Pilsen eine Anmeldung für die Weltausstellung Paris 1867 ein.[1] Bereits im Jahre 1869 nahm „[u]nter Böhmens 1028 Brauereien […] Pilsens bürgerliches Brauhaus den ersten Rang ein“; mit 170.000 Eimern (umgerechnet rund 104.470 Hektoliter) betrug der Anteil an der Gesamtproduktion damals über 3 %.[2] Sechs Jahre später hatte sich der Ausstoß mit 371.264 Eimern (rund 228.152 Hektoliter) mehr als verdoppelt.[3]

Im Jahr 1913 überschritt die Jahresproduktion erstmals 1 Million Hektoliter.[4][5] 1898 wurde die Schutzmarke Prazdroj – Urquell eingetragen und im Jahr 1859 der Produktname „Pilsner Bier“. Neben dem Bürgerlichen Brauhaus entstand im Jahr 1869 die Erste Pilsener Aktienbrauerei, die zuerst nur für ihr Bier, später auch als Brauereinamen die bis heute existierende Marke Plzeňský Gambrinus verwendete. 1946 wurden beide Unternehmen verstaatlicht und unter dem Namen Plzeňské pivovary zusammengeschlossen. 1992–1994 wurde das Unternehmen privatisiert und erhielt den Namen Plzeňský Prazdroj a. s. (AG). Ab 1999 gehörte das Unternehmen zum Konzern South African Breweries plc (seit 2002: SABMiller). 2002 fusionierte Plzeňský Prazdroj mit den Brauereien Radegast und Velké Popovice.[6] Im Zuge der Fusion von AB-InBev mit SABMiller wurde Plzeňský Prazdroj 2017 an die japanische Brauereigruppe Asahi verkauft.[7]

Das Deutschlandgeschäft der Brauerei wird seit November 2007 von Köln aus betrieben. Die zuvor in Kerpen sitzende Pilsner Urquell Deutschland GmbH firmiert in der klassizistischen Präsidentenvilla der ehemaligen Bundesbahndirektion am Rheinufer.