Die Region ist seit dem Neolithikum besiedelt. Seit dem 9. Jahrhundert wurde der wenig bevölkerte M'zab zur Zufluchtsstätte von Charidschiten.

Spuren sehr früher Besiedlung wurden gefunden, die heute vorhandenen Stätten stammen jedoch vom Anfang des 11. Jahrhunderts. Die Erbauer waren Ibaditen, Angehörige einer damals im Maghreb vorherrschenden Richtung des Islam. Nachdem ihre Hauptstadt in Tahert im Jahr 909 niedergebrannt worden war, zogen sie nach Sedrata und schließlich nach M'zab. Der bis dahin nur sporadisch durch Nomaden bewohnte Landstrich wurde wegen der guten Verteidigungsmöglichkeiten und auch in einer selbst gewählten Isolation zur Bewahrung der eigenen Identität gewählt.

Fünf zitadellenartige, befestigte Dörfer oder Ksur wurden gegründet: El Atteuf, Bou Noura, Beni Isguen, Melika und der heutige Hauptort Ghardaia. Jede ist mit einer Festungsmauer umgeben und wird von der Moschee beherrscht, deren Minarette als Wachturm dienen. Die Moschee diente auch als Arsenal und Kornspeicher und als eigenständige Befestigungsanlage in der Festung, ähnlich dem Bergfried im europäischen Mittelalter. Die Häuser sind in mehreren Kreisen konzentrisch um die Moschee gebaut und bestehen jeweils aus einem Raum einheitlicher Größe. Außerhalb der Mauern liegt der Friedhof, ebenfalls mit einfachen, einheitlichen Gräbern, nur die Heiligengräber und kleine Moscheen sind aufwendiger gestaltet.

Im 18. Jahrhundert war der Mzab ein wichtiges Handelszentrum im Transsahara-Handel. 1853 schlossen die sieben Oasen einen Vertrag mit Frankreich, der ihnen Autonomie zusicherte. Dennoch wurde der Mzab später von Frankreich annektiert.

Im Sommer zogen die Bewohner in Palmhaine, wo ebenfalls befestigte Häuser und Wachtürme um eine Moschee ohne Turm gruppiert waren. Diese Lebensweise wurde kontinuierlich bis ins 20. Jahrhundert fortgeführt.