Es ist anzunehmen, dass die Maya-Besiedelung im Gebiet des späteren Muyil bereits in der späten Vorklassik (300 v. Chr. bis 250 n. Chr.) begann, jedoch sind keine Bauten aus dieser Zeit vorhanden.[1]

In der Maya-Klassik (250–900 n. Chr.) wuchs die Bevölkerung und es bildeten sich um 600 n. Chr. Handelsbeziehungen entlang der Küste aus, die sehr wahrscheinlich bis zu den Salinen von Belize reichten.[2] Zur wachsenden Wohnbebauung kamen erste rituelle Bauten hinzu.

Die meisten der architektonischen Überreste stammen jedoch aus der postklassischen Periode (900–1500 n. Chr.), in der die Stadt erst unter der Herrschaft von Chichén Itzá, später unter der von Ich Paa stand. Sie war Teil des Küstenhandels-Netzwerkes, das sich mit einer großen Zahl an Standorten die Karibikküste entlang zog und die Region wirtschaftlich beförderte. Zu ihm gehörten die nördlich liegenden Festlandshafenorte Tancah/Tulum, Xel Há, Xcaret, El Rey und El Meco ebenso wie die angebundenen Inseln Isla Mujeres und Cozumel.

Die Stadt lag auch im direkten Einflussbereich der Maya-Stadt Cobá, die ein regionales Machtzentrum darstellte. Später gehörte Muyil in der regionalen Gliederung nach Roys, die das Maya-Gebiet für das 16. Jahrhundert in 16 Herrschaftsdistrikte einteilt, in den politischen Einflussbereich Ekabs.[3] Die vorspanische Stadt war vermutlich bis zur weitgehenden Eroberung der Karibikküste durch die Spanier um 1550 bewohnt; Muyil existierte allerdings als Dorf weiter bis zum Jahr 1871, als es in den Wirren des Kastenkrieges von einem Teil seiner Einwohner verlassen und ca. 35 km weiter nördlich die Neusiedlung San Antonio Muyil gegründet wurde[4].

INAH Archäologische Stätte Muyil (Memento des Originals vom 9. September 2009 im Internet Archive)   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.inahqr.gob.mx, abgerufen am 17. September 2009 (spanisch).