Im Januar 1502 hatte König Manuel I. den Grundstein für das Kloster gelegt, das zum Monument nationaler Größe wurde und gemeinsam mit dem Kloster Batalha und der Christuskirche in Tomar zu den Höhepunkten portugiesischer Architektur gehört. Die Bauzeit zog sich über sieben Jahrzehnte hin und überdauerte damit die Blütezeit Portugals. Fünf Architekten zeichneten verantwortlich: zwei Portugiesen, zwei Franzosen und ein Spanier. Dennoch wirkt der gesamte Bau einheitlich, von einem gemeinsamen Gestaltungswillen und dem Enthusiasmus der Entdeckungszeit geprägt. Die Anlage war weit größer geplant, realisiert wurden die Hallenkirche, der zweistöckige Kreuzgang mit Refektorium, Kapitelsaal und Sakristei sowie der 193 m lange Westflügel, der mehrfach umgebaut wurde.[1] Während der Herrschaft König Johanns III. wurde das Kloster um den Chor erweitert.

Das Kloster beherbergte bis 1834 die Hieronymiten, den Orden des Heiligen Hieronymus, der dem Kloster auch den Namen gab. Das Gebäude überstand das Erdbeben von 1755 ohne größere Schäden.

Im Jahre 1983 wurde das Mosteiro dos Jerónimos von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt.[2]

Am 13. Dezember 2007 unterzeichneten hier die Staats-/Regierungschefs der EU-Staaten den Vertrag von Lissabon zur Neuordnung der Europäischen Union.