Eine Reihe von archäologischen Funden belegt, dass die Gegend um Laguardia bereits seit vorgeschichtlicher Zeit besiedelt ist. Dazu gehören insbesondere das in die ausgehende Jungsteinzeit datierte, zwei Kilometer südöstlich des Stadtkerns gelegene Massengrab San Juan ante Portam Latinam, die Cueva de los Husos („Höhle der Husos“) in der Nachbargemeinde Elvillar sowie die Siedlung La Hoya aus dem 15. Jahrhundert v. Chr. Auch einige der am besten erhaltenen Alava Dolmen befinden sich bei Laguardia. Spuren römischer Besiedlung wurden in der Ausgrabungsstätte Las Pilas del Camino de Logroño („Die Säulen am Weg nach Logroño“) gefunden; aus westgotischer und maurischer Zeit ist nichts erhalten.

Zu Beginn des 10. Jahrhunderts errichtete König Sancho I. von Navarra auf dem Hügel, auf dem sich die Stadt befindet, eine Burg. Die nahe der Südgrenze seines Reiches gelegene Festung diente der Landesverteidigung und wurde vom 13. bis zum 15. Jahrhundert einer der Hauptsitze des Königreichs Navarra. Im Jahr 1164 verlieh König Sancho VI. Laguardia die Stadtrechte. In der Folge stieg die Bevölkerungszahl stark an und die Stadt wurde zu einem wirtschaftlichen Zentrum der Region. Sein Sohn Sancho VII., der im Jahr 1197 König wurde, veranlasste die Errichtung der Stadtmauer, deren Reste heute noch vorhanden sind. In der Folgezeit war Laguardia zwischen Navarra und Kastilien umstritten. 1461 fiel die Stadt endgültig an Kastilien und wurde 25 Jahre später Teil der Provinz Álava.

Durch die Eroberung des südlichen Teils von Navarra durch die Truppen Ferdinand von Aragóns im Jahr 1512 verlor die Stadt ihre Funktion als Grenzfestung. In dieser Zeit entstanden zahlreiche Bodegas und palastartige Häuser. Der wirtschaftliche Aufschwung wurde jedoch gestoppt, als Ende des 16. Jahrhunderts eine Pestepidemie die Bevölkerung stark dezimierte. Während der Befreiungskriege zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde Laguardia wieder zur Festung. Zunächst besetzten und plünderten die Franzosen die Stadt; nachdem sie 1809 unter die Herrschaft des spanischen Marqués de Barriolucio kam, ordnete dieser die Zerstörung der Stadtmauer an, um den Franzosen einen Rückzugsort zu nehmen, falls diese die Stadt erneut erobern würden. Weitere Zerstörungen erlitt Laguardia in den Karlistenkriegen – im dritten Karlistenkrieg wurden einige Wohnhäuser zerstört und die Burg Laguardia gegen den Widerstand der Bevölkerung abgerissen, nachdem ein General der Karlisten 1874 beschlossen hatte, die Ortschaft in ein „normales“ Dorf ohne Verteidigungsanlagen zu verwandeln.