Alfons VII., König des Königreichs Kastilien und des Königreichs León, verlieh Añana 1140 erstmals das Fuero. Die Herrschaft von Salinas de Añana war in den darauffolgenden Jahrhunderten als Infantado de Salinas bekannt, da sie Teil des Erbes oder der Apanage einiger Infantas und andere königliche Damen war; etwa von Königin Eleonore von Kastilien, Tochter von Ferdinand IV. und Schwester von König Alfons XI.

Am 12. April 1375 wurde die Herrschaft von Salinas de Añana von König Heinrich II. per Erbschwur an Leonor Enríquez de Castilla und ihre Erben abgetreten, die Tochter von Fadrique Alfonso, einem Großmeister des Santiagoordens, sowie Enkelin von König Alfons XI. Andere Autoren behaupteten fälschlicherweise, dass Leonor und ihrem Ehemann Diego Gómez Sarmiento die Herrschaft 1377 oder im April 1370 verliehen wurde; um letzteres Datum zu rechtfertigen, argumentierten sie, dass Heinrich II. auf seinem Weg nach Bayonne im Jahr 1373 in Salinas de Añana anhielt und der Taufpate der 1373 geborenen García Fernández Sarmiento war, dem erstgeborene Sohn von Leonor und Diego.

Leonor Enríquez de Castilla erhielt die Herrschaft von Salinas zusammen mit all seinen Einwohnern, Bestimmungen, Dörfern, der Rechtsprechung, der Mero et mixto imperio sowie von Tributen der Krone, etwa von Yantar, Escribanía, Martiniega, Portazgo, Infurciones und den Pechero der Juden. Die Übertragung an diese Dame, wie Urcelay Gaona betonte, unterschied sich nicht von denen, die Heinrich II. anderen Adligen gewährte. Es sei jedoch darauf hingewiesen, dass sich die Krone das Recht vorbehielt, über die Einnahmen aus den Salzminen und Einnahmen, die von den Einwohnern gesammelt wurden, einzusammeln.

Nach der von Julio Caro Baroja entwickelten Hypothese bezeichnen die baskisch-navarresischen Ortsnamen mit der Endung -ana antike römische Städte städtischen Charakters. Nach dieser Hypothese würden die Stadtnamen aus dem Eigennamen ihres ursprünglichen Besitzers gebildet, gefolgt von dem Suffix -anus, das den Besitz bezeichnet, in diesem Fall als weiblicher Akkusativ -ana dekliniert. Añana ist einer der von Caro Baroja als Teil dieser Gruppe zitierten Orte. In Fall von Añana schlug Baroja vor, dass ein bekannter lateinischer Name versteckt wurde: Annius (Annio); der ursprüngliche Toponym wäre daher Anniana gewesen.[1]

Die Stadt erschien zum ersten Mal in einem Dokument im Jahr 978 unter dem Namen Annana und kurz darauf (984) als Agnana. Bereits zu dieser Zeit scheint sich der Salzabbau in der Stadt etabliert zu haben, was sich schließlich im Namen Salinas de Añana zeigte. Obwohl die Gemeinde in der Volkszählung von 1842 als Añana erscheint, hieß die Gemeinde von der folgenden Volkszählung (1857) bis 1997 offiziell Salinas de Añana. 1997 wurde dann der Name Añana wiederhergestellt, jedoch nur für die Gemeinde (zu der auch die Stadt Atiega gehört). Das Hauptbevölkerungszentrum heißt immer noch Salinas de Añana heißt (baskisch: Gesaltza Añana, derzeit ein halboffizieller Name).