Die Gründung des Klosters im 4. Jahrhundert n. Chr. am Ort einer heidnischen Quelle wird dem Heiligen Gregor, dem Patron der Armenischen Apostolischen Kirche, zugeschrieben. Von den Arabern wurde es im 9. Jahrhundert zerstört, so dass keine Bauten aus dieser Zeit erhalten sind.

Der Neuaufbau begann 1215. Laut einer Inschrift der Hauptkirche gelten die Brüder Ivane und Zakhare als Erbauer, die die Dynastie der Zakharjan begründeten, die im 12. Jahrhundert als Vasallen der Könige von Georgien über Armenien herrschten. Mitte des 13. Jahrhunderts kam das Kloster in den Besitz der Adelsfamilie Proschjan, die dort im Fels ihre Grablege anlegten.

1679 wurde das Kloster durch ein Erdbeben schwer beschädigt. Es blieb verlassen und wurde erst nach der Eroberung Armeniens durch Russland wieder von einigen Mönchen aus Etschmiadsin besiedelt. Erst im 20. Jahrhundert wurde es für den Tourismus wieder restauriert.