Auf dem Gebiet der Stadt wurden prähistorische und antike Kleinfunde entdeckt, die jedoch nicht als Hinweise auf die Existenz einer Siedlung gedeutet werden können. Eine solche scheint – wie Münzfunde belegen – erst in merowingischer Zeit, d. h. im 5./6. Jahrhundert, existiert zu haben. Karl der Große stiftete angeblich eine Kapelle, aus der sich später ein Kloster entwickelte. Ursprünglich gehörte das Pays de Foix zum Herzogtum Aquitanien; später kam es zur Grafschaft Carcassonne. Im 11. Jahrhundert wurde es selbst zur Grafschaft erhoben und von einem ruhmreichen Adelsgeschlecht beherrscht. An ihrem Hof ließen die Grafen regelmäßig Troubadoure und Poeten auftreten. Graf Gaston III. Fébus war sogar Autor eines Jagdbuchs. Das Pays de Foix gehörte gemeinsam mit dem Couserans und dem Donezan zum Katharer-Gebiet. Die Mauern von Foix hielten im 13. Jahrhundert dem Ansturm der Kreuzritter stand. Hier tobte der Albigenserkreuzzug besonders heftig. Im Jahr 1229 wird der Albigenserkrieg im Vertrag von Paris für beendet erklärt; die Grafen von Foix wurden zu Vasallen des französischen Königs. Durch Erbschaft gelangten sie in den Besitz des navarresischen Béarn, wo sie sich niederließen, um nicht unter der Herrschaft des französischen Königs zu stehen. Doch im Jahr 1607 kam auch das Béarn unter die Herrschaft Henri IV., der es seinem Krongut anschloss.

Die Grafen von Foix übten lange Zeit zusammen mit dem Bischof von Urgell als Co-Fürsten die Herrschaft über Andorra aus. Sie übertrugen diese Rechte auf den französischen König, der seitdem einen Vogt nach Andorra entsandte. Dieses Recht ging auf französischer Seite auf die französische Republik bzw. den Staatspräsidenten über. Seit 1993 ist Andorra ein unabhängiges Fürstentum mit den zwei Co-Fürsten als Staatsoberhäupter.