Dem Kija-Aboriginalstamm war die Bergkette seit rund 20.000 Jahren bekannt. Die Ureinwohner nannten das Gebiet Purnululu, in ihrer Sprache das Wort für „Sandstein“.

Eine 1930 gegründete Farm in der flachen Savanne nordwestlich der Bergkette erhielt von Arthur Muggleton den Namen Bungle Bungle. Diese Namensetymologie ist unklar und beruht auf einem Missverständnis, möglicherweise eine Verballhornung von Purnululu oder von der Grasart bundle bundle.

1983 überflog ein Film-Team die merkwürdigen Bienenkörbe und entdeckte sie insoweit per Zufall. Luftaufnahmen dieses Dokumentarfilms machten das Gebiet bekannt, und die ersten Besucher kamen. Benannt wurde die Bergkette vom Department of Lands And Surveys nach der bestehenden Farm. Heute ist Bungle Bungle ein Synonym für die Bienenkorb-Formation und gelegentlich – fälschlicherweise – für den gesamten Purnululu-Nationalpark, der 1987 gegründet wurde. Dieser besteht jedoch aus differenzierten Vegetationsformen und geologischen Erscheinungen, von denen die Bienenkörbe nur den südlichen und östlichen Teil ausmachen – insoweit eine pars-pro-toto-Bezeichnung.

2003 wurden die Bungle Bungle in die UNESCO-Liste des Weltkultur- und Naturerbes der Menschheit aufgenommen.