Die offizielle Gründung erfolgte 828 durch den toskanischen Grafen Bonifacio II. Archäologische Funde belegen allerdings, dass die Gegend bereits in frühgeschichtlichen Zeiten besiedelt war. 1187 gelang es den Genuesern mit einer List die Stadt einzunehmen. Abgesehen von einer Unterbrechung in den Jahren von 1553 bis 1559 (Sampiero Corso) blieb Bonifacio bis 1768 in der Hand Genuas. Seit 1768 ist Bonifacio unter französischer Herrschaft. 1793 bereitete Napoleon hier die gescheiterte Invasion Sardiniens vor. Im Zweiten Weltkrieg wurde Bonifacio 1942 wie ganz Korsika von deutschen und italienischen Truppen besetzt.

Bevölkerungsentwicklung Jahr 1962 1968 1975 1982 1990 1999 2007 2016 Einwohner 2418 2431 2693 2736 2683 2658 2852 3048 Quellen: Cassini und INSEE