Alaca Höyük war bereits ab der zweiten Hälfte des 6. Jt. v. Chr., damit im mittleren Chalkolithikum, besiedelt.[1] In der Mitte des 3. Jahrtausends v. Chr. war es eine Niederlassung der vorindogermanischen Hattier, von denen unter anderem die gefundenen Fürstengräber zeugen. In der Zeit des hethitischen Großreichs 1600–1200 v. Chr. war es eine bedeutende Stadt, die jedoch im Schatten der nicht weit entfernten Hauptstadt Ḫattuša stand. Eine mögliche Identifizierung mit Zippalanda, Kuššara oder Arinna ist jedoch nicht gesichert. In dieser Zeit wurde die Ansiedlung mit einer Befestigung mit mindestens zwei Toren ausgebaut. Mit dem Untergang des Hethiterreiches endete vorläufig auch die Geschichte der Stadt. Im frühen 1. Jahrtausend v. Chr. wurde der Ort kurzzeitig von Phrygern bewohnt.