Sarajevodalen har en lang og rig historie fra den yngre stenalder, da butmirkulturen blomstrede med flere illyriske bosættelser i området, før det blev erobret af Romerriget i 9 e.Kr.[1] Under romerne lå en by ved navn "Aquae Sulphurae", omtrent hvor nutidens Sarajevo-forstad Ilidža ligger.[2] Efter romerne bosatte goterne sig i området og slaverne kom i det 7. århundrede.[3] Under Isa-Beg Isaković, den første osmanniske guvernør i Bosnien-provinsen, blev bosættelsen etableret som byen "Bosna-Saraj" omkring citadellet i 1461. Navnet Sarajevo stammer fra det tyrkiske "saray ovası", der betyder "marken omkring Saray".

Guvernøren stod for opførelslen af byens gamle bydel med vandforsyningssystem, moské, lukket markedsplads, offentligt bad, hostel og guvernørens palads. Gazi Husrev-beg blev byens anden guvernør i 1521 og byggede byens første bibliotek, madrassa, sufi-skole og Sahat Kula-klokketårnet.

Under den store tyrkiske krig angreb Prins Eugen af Savoy af det Habsburgske monarki det Osmanniske Rige i 1697, og Sarajevo besattes og lå pestramt og nedbrændt. Byen blev genopført, men kom sig aldrig helt fra ødelæggelsen. Det Osmanniske Rige gjorde Sarajevo til et vigtigt administrativt centrum i 1850, men magtbalancen skiftede, da Østrig-Ungarn erobrede Bosnien-Hercegovina i 1878 som en del af Berlin-traktaten og annekterede området fuldstændigt i 1908. Sarajevo blev industrialiseret af Østrig-Ungarn, der brugte byen som test-område for nye opfindelser som sporvognene, før de kom til Wien.[3][4]

28. juni 1914 blev ærkehertug Franz Ferdinand af Østrig og hans kone Sophie, hertuginde af Hohenberg snigmyrdet i Sarajevo af en serbisk nationalistisk provokatør-snigmorder, Gavrilo Princip. I den efterfølgende krig skete de fleste Balkan-offensiver omkring Beograd, og Sarajevo slap nogenlunde uskadt gennem krigen. Efter krigen blev Balkanområdet forenet i Kongeriget Jugoslavien, og Sarajevo blev hovedstad i Drinaprovinsen.

I april 1941 besatte Tyskland Jugoslavien og bombarderede Sarajevo. Da boede der omkring 10.500 jøder i Sarajevo, De, sigøjnere og ortodokse serbere blev forfulgt af den kroatiske Ustaše-regering eller transporteret til koncentrationslejre.[kilde mangler]. De jugoslaviske modstandsfolk, anført af Josip Broz Tito, befriede Sarajevo 6. april 1945.

Efter krigen voksede byen hurtigt da den blev et vigtigt regionalt industricenter i Jugoslavien. Som en del af byudviklingsplanen blev der fra 1945 opført boligblokke vest for den gamle by som en tilføjelse til Sarajevos arkitektoniske forskellighed. Højdepunktet i byens vækst nåedes i de tidlige 80'ere, da Sarajevo var vært for vinter-OL1984.[5]

6. april 1992, da den kommunistiske stat Jugoslavien faldt fra hinanden, blev Sarajevo omringet af den Jugoslaviske Nationalarmé (JN), der blev der indtil alle soldaterne og deres familier blev reddet og evakueret fra de dele af byen, der var i hænderne på de bosniske muslimske paramilitære, der senere omdøbte sig selv til Den Bosniske Hær). Da JN's mission var fuldført, og det militære personel og deres familier blev evakueret, var dele af byen og de omkringliggende territorier, hvor størstedelen af befolkningen er serbere, under paramilitær (Bosnisk-Serbiske Hærs) kontrol i formationer skabt en lokalbefolkningen (senere blev alle formationer samlet under Republikken Srpskas Hær). Undtaget var Stup og Kiseljak, der var under kroatisk paramilitær kontrol kendt som HVO. Sarajevos belejring, der varede indtil oktober 1995, resulterede i en storstilet ødelæggelse og dramatiske befolkningsskift. Genopbygningen begyndte, da krigen endte med Daytonaftalen i november 1995.

I 2003 var det meste af byen genopbygget eller repareret, så der er kun få synlige ruiner i centrum. Mange af granatkasserne fra 2. verdenskrig, der blev brugt under angrebene, er skåret og poleret i lokal tradition og bliver solgt som kunst. Den amerikanske skuespiller Terrance Howard har samlet kasser og vist paralleller til indskriften i Esajas' bog 2:4 omkring ressourcer, der bliver brugt til fredelige formål i stedet for militære.[6] Moderne kontorbygninger og skyskrabere er siden blevet opført i hele byen.[7]

 

Gazi Husrev-beg Moskeen - en af Sarajevos 186 moskeer.

 

Sarajevos Ortodokse Katedral.

 

Jesu Hjertes Katedral - katolsk katedral i Sarajevo.

 

Sarajevos jødiske synagoge, før dens seneste renovation.