Trossö, den ø som Karlskrona blev bygget på, var i 1500-tallet ejet af bonden Offe Månsson. På fastlandet et par kilometer derfra fandtes i dansketiden en by ved navn Lyckeby, og ca. 20 kilometer derfra begyndte danskerne at bygge Kristianopel inden Blekinge blev svensk i 1658. I 1679 var øen og de tilhørende holme ejet af gårdmanden Vittus Andersson, der blev tvunget til at sælge ejendommen til staten. Samme år blev en del af flåden forlagt til Karlskrona. Byen lå strategisk på en ø med kontrolleret forbindelse til fastlandet og beskyttet af øer rundt om Trossö, hvor militærbefæstninger blev opført for at beskyttet flådebasen.

Den 10. august 1680 fik byen stadsprivilegier. Ronneby blev afviklet som by, og dens befolkning tvunget til at flytte til Karlskrona. Byen var begunstiget af flere års toldfrihed. I 1682 blev der bygget broer til fastlandet. Byen blev snart Sveriges tredjestørste efter Riga i det nutidige Letland og Stockholm. Men da Karlskrona gennem lang tid var en lukket militær by, som langsomt svandt ind sammen med den svenske stormagt, aftog byens tilvækst, og den mistede meget af sin betydning. Den forblev dog en stærk flådebase. Omkring år 1700 havde byen ca. 10.000 indbyggere mod 1,3 millioner i hele Sverige. I dag har byen ca. 36.477 indbyggere (2015) og hele Sverige godt 9 millioner.