Man har haft kendskab til Helgoland siden 697 e.Kr., hvor den sidste frisiske konge Radboud flygtede til øen efter et nederlag til frankerne.

Helgoland var i middelalderen som de andre nordfrisiske øer en del af den danske stat og kom senest i 1400-tallet med under Hertugdømmet Slesvig. I 1231 blev øen nævnt i Kong Valdemars Jordebog som kongens ejendom. Øen bragtes omkring 1400 også i forbindelse med Klaus Størtebeker og fetaljebrødrene. Ved den 1544 stedfundne landsdeling mellem kong Christian 3. og hans to brødre i hertugdømmerne, tilfaldt øen efter en lodtrækning gottorperne.

Fra 1714 var øen igen på danske hænder. Indenfor hertugdømmet havde øen status som et landskab. I 1720 blev den naturlige forbindelse mellem hovedøen og Dynen (på nordfrisisk Woal) ødelagt under en stormflod, så øen i dag består af to øer.

Under Napoleonskrigene i 1807 besatte Storbritannien øen, og som eneste danske besiddelse måtte den efter krigen afstås til britisk styre. I 1826 stiftede briterne søbadet og øen oplevede et økonomisk opsving. Blandt øens gæster var mange britiske og tyske intellektuelle som Heinrich Heine eller August Heinrich Hoffmann von Fallersleben. Under den 2. Slesvigske Krig den 9. maj 1864 udspillede sig udfor Helgoland et søslag kendt som Slaget ved Helgoland.

 

Helgoland i 1900-tallet

Øen blev overdraget til Tyskland i 1890. Til gengæld garanterede den tyske regering ikke at forstyrre britiske interesser på den afrikanske ø Zanzibar. I årene som fulgte blev Helgoland udbygget til en vigtig flådebase for tyskerne både under 1. og 2. verdenskrig. Det første søslag under første verdenskrig blev udkæmpet tæt ved øen i krigens første måned. Befolkningen var hele krigen evakueret til fastlandet og vendte først tilbage i 1918.

Under nazisternes styre i 1930-årene blev marinebasen reaktiveret. Under 2. verdenskrig forblev de fleste helgolændere på øen. Men den 18. april 1945 ødelagte britiske bombefly hele øen, mens civilbefolkningen søgte beskyttelse i øens bunker. I de følgende nætter blev øen igen evakueret.

 

Snublesten (Stolperstein) for Erich P. Friedrichs

Kort før krigsslutningen i 1945, da De Allierede stod udenfor Bremen, lykkedes det helgolænderne Georg E. Braun (1902-1945) og Erich P. Friedrichs (1890–1945), at etablere en modstandsgruppe.[1] Gruppens mål var at forhindre at Helgoland blev totalt ødelagt af de allierede. Mens militærgruppen omkring Georg E. Braun udarbejdede planen for en fredelig overgivelse af øen til De Allierede, havde Friedrichs, der var radioofficer på signalstationen, radiokontakt med englænderne. Kort tid før udføringen af planen blev de forrådt af to af gruppens medlemmer. Cirka 20 mænd blev tidligt om morgenen den 18. april anholdt på Helgoland og 14 af dem blev overført til Cuxhaven. Efter en hurtig retssag blev fem fra modstandsgruppen henrettet ved skydning, den 21. april 1945 på en militærøvelsesplads ved Cuxhaven-Sahlenburg.

Efter 2. verdenskrig blev Helgoland igen besat af britiske tropper, der i 1947 forsøgte at sprænge hele øen i luften med ammunition svarende til 6700 tons sprængstof.[2] Den lokale befolkning var evakueret og anbragt forskellige steder i Tyskland. Først i 1952 blev øen givet tilbage til Tyskland og beboerne fik lov til at vende tilbage. Tyske myndigheder iværksatte en stor oprydning, hvor blandt andet mange blindgængere blev fundet og fjernet.