Uddybende artikel: Angkor Wats historie

Templet blev bygget i første halvdel af det 12. århundrede under Suryavarman 2.'s styre (regerede 1113 – ca. 1150). Det blev bygget som kongens hovedstad og statstempel indviet til Vishnu. Kun templet står tilbage idet øvrige bygninger blev bygget af forgængelige materialer. Nogle af basreliefferne er ikke gjort færdige og man formoder at arbejdet er stoppet ved kongens død.[1] I 1177 blev Angkor plyndret af Chamriget, khmerrigets traditionelle fjende. Senere blev riget genrejst, men med en ny hovedstad.

I det 14. eller 15. århundrede blev templet omdannet til sin nuværende theravadabuddhistiske brug. Angkor Wat er usædvanlig blandt templerne omkring Angkor, i og med det aldrig blev helt forladt, selvom det blev forsømt efter det 16. århundrede. Noget af forklaringen på, at templet var beboet, kan sikkert findes i det faktum, at voldgraven virkede som et forsvar mod, at junglens vegetation overgroede templet og dermed ødelagde beboelsesmulighederne.[2]

 

Et fotografi af Angkor Wat taget af Emile Gsell i 1866.

En af de første vestlige besøgende til stedet var António da Madalena, en portugisisk munk, der besøgte det i 1586. En række andre vesterlændinge, japanere, kinesere og arabere besøgte templet i de følgende århundreder. Templet blev dog først bredt kendt i vesten fra midten af det 19. århundrede gennem udgivelsen af den franske opdagelsesrejsende Henri Mouhots rejsenoter i 1857. Han skrev bl.a. om det:

"Et af disse templer — en rival til Salomons, og rejst af en oldgammel Michelangelo — tager muligvis en ærefuld plads ved siden af vores smukkeste bygninger. Det er mere storslået end noget efterladt af grækerne eller romerne og viser en trist kontrast til den tilstand af barbarisme, som nationen nu er sunket ned i."[3]

Mouhot, som andre tidlige vestlige besøgende, var ude af stand til at fatte, at khmererne kunne have bygget templet og daterede det fejlagtigt til omkring samme tid som oldtidens Rom. Angkor Wats sande historie blev kun langsomt stykket sammen under det rydnings- og restaureringsarbejde, der blev udført i hele Angkorområdet fra slutningen af det 19. århundrede.

Franskmændene fik kontrol over området i 1907, og i 1908 blev der ansat en øverste ansvarlig for restaureringen samt tusindvis af hjælpere.[4][5] Rydningen af området omkring Angkor Wat foregik fra 1908-1911, hvorefter det egentlige restaureringsarbejde kunne begynde.[6] Arbejdet blev i perioden 1936-1945 ledet af Maurice Glaize, som bl.a. skrev guidebogen Monumenterne i Angkor Gruppen, som stadig er den mest udbredte guidebog om Angkor. Arbejdet med at kortlægge og restaurere i hele Angkor-området fortsatte frem til 1972, hvor arbejdet blev afbrudt indtil 1990'erne af De Røde Khmerers kontrol over landet og den efterfølgende borgerkrig .[7][8]

Templet har ligesom de andre templer i området gennem århundreder været udsat for plyndringer og ødelæggelser. De senere år er plyndringerne dog flyttet til fjernereliggende templer, og Angkor Wat er ikke så udsat længere.[9]

Siden fredsaftalerne blev effektive i 1990'erne har Angkor Wat set en genoptagelse af indsatsen for at bevare templet og en massiv forøgelse af turismen og templet blev i 1992 en del af det UNESCO udnævnte verdensarvsområde Angkor.[10]

I januar 2003 cirkulerede der et falskt rygte om, at en thailandsk sæbeoperastjerne havde hævdet, at Angkor Wat tilhørte Thailand. Dette medførte, at der udbrød optøjer i Phnom Penh, hvor der bl.a. blev sat ild til den thailandske ambassade.[11]