Per tal de promoure un canvi d'aires a la petita localitat guipuscoana de Zegama, l'any 2002 neix la idea de la mà de Alberto Aierbe,[1] amb la primera edició de la cursa prenent la sortida de Zegama el dia 2 de juny de 2002, amb un total de 226 atletes a la línia de sortida. Aquesta primera edició va vèncer-la, en categoria masculina, el basc Juan Martin Tolosa (4:14:23); i en categoria femenina, la també basca Rosa Lasagabaster (6:05:27).

A partir d'aquest moment, la popularitat de la cursa, considerada d'alta dificultat, creix de forma exponencial, fins al punt que l'organització es veu obligada a limitar el nombre de participants a 500, si bé el nombre de sol·licituds ronda els 7000.[1] Tanmateix, la popularitat de la cursa no tan sols es deu a la bellesa natural de la zona, sinó que és causada per la gran quantitat de públic que es concentra al llarg de tot el recorregut, provocant d'aquesta manera un gran escalf a tots els participants. Així doncs, a partir de l'any 2015 neix la categoria de quilòmetre vertical, l'explosivitat de la qual (3000m +1015m)[2] contrasta notablement amb la d'una marató de muntanya.

Les edicions de l'any 2020 i 2021 han estat cancel·lades per la pandèmia de la COVID-19.[3] Tanmateix, la 19a edició es durà a terme l'any 2022.