El temple va ser construït durant els dies en què Ayutthaya era l'antiga capital de Tailàndia i es coneixia originalment com Wat Makok (Temple de l'Oliva). En l'època següent, sent Thonburi la capital, el rei Taksin va canviar el seu nom a Wat Chaeng.

Al temple va estar situat el Buda d'Esmeralda durant un breu espai de temps, abans de traslladar-se a Wat Phra Kaew (literalment el Temple del Buda d'Esmeralda) el 1784.

Posteriorment, el rei Rama II va tornar a canviar el seu nom, anomenant-lo aquesta vegada Wat Arunratchatharam, el va restaurar i va ampliar el prang central. La feina va ser acabada pel rei Rama III. El rei Rama IV va ser qui li va donar al temple el seu nom actual, Wat Arunratchawararam.

Com a signe del canvi dels temps, a Wat Arun va ser ordenat oficialment el primer occidental, Sean Patrick, dels Estats Units, el 2005.