El lloc va ser ocupat primer per la cultura Lambayeque, entre els anys 1000 i 1370 dC, després pels chimú, entre 1370 i 1470, i finalment pels inques, entre 1470 i 1532, època en què van arribar els espanyols.

La fundació de la ciutat, entre els anys 1000 i 1100, coincideix amb la caiguda de Batán Grande, a la vora del riu Chancay, que va ser cremada i abandonada en aquesta època.

El lloc va ser fundat per Naymlap, un heroi mític que va arribar del mar i va construir la ciutat amb ajuda dels camperols vilatans entorn del turó La Raya, una elevació rocosa que destaca enmig de la plana. Aquesta llegenda va ser recollida pel cronista espanyol Miguel Cabell Valboa en 1586.

El 1547 es trobava ja abandonat i arruïnat, segons ho va constatar en persona el cronista espanyol Pedro Cieza de León, que sobre aquest tema va apuntar el següent:

En el segle xx es van iniciar les recerques científiques. El 1930 Alfred Louis Kroeber va il·lustrar la seva descripció de Túcume amb un plànol. El 1939, Wendell C. Bennett va donar informes de les seves excavacions en el lloc. El 1951 Richard P. Schaedel va publicar un plànol elaborat per Antonio Rodríguez Suy Suy a partir de fotografies aèries. El 1979 Hermann Trimborn va fer la primera anàlisi històrica i arqueològica que abastava tota l'àrea adjacent al turó La Raya fins a la Huaca Grande, en la perifèria oriental del poble.

En la dècada de 1990 el famós explorador Thor Heyerdahl, després de visitar el poble de Túcume, va iniciar un projecte de recerca (en la qual van participar els arqueòlegs Daniel Sandweiss i Alfredo Narváez), que ha culminat en la creació d'un museu, al costat de la Huaca 1, que alberga les restes més importants trobats en les ruïnes.