El priorat de Sant Miquel del Fai va ser un lloc de culte habitat per una comunitat de monjos benedictins des del segle x fins al xvi. Va ser fundat per Gombau de Besora, senyor feudatari del castell de Montbui, després de rebre en donació dels comtes de Barcelona Ramon Borrell i Ermessenda l'alou del Fai l'11 de juny del 997[1] la cova on es venera sant Miquel Arcàngel (speleam suam, cum venerandis titulis que infra sunt, quod est sanctum Michaelem Archangelum. El 1006 el monestir ja funcionava com a tal, aprofitant-ne com a església la primitiva de Sant Miquel.

Començà sent un monestir independent, però el 1042 es vinculà a Sant Víctor de Marsella. Al llarg de la història rebé nombroses i importants dotacions, entre les quals Sant Vicenç de Riells el 1043 i Sant Julià de Lliçà d'Amunt el 1148, a més de moltes rendes diverses.

A principis del segle xiv, la comunitat es fixà en un prior, dos monjos i dos beneficiats, però amb el temps anà decaient, fins que quedà tan sols amb un o dos monjos i un capellà encarregat de la parròquia annexa. Aquesta parròquia, de primer era a la propera església de Sant Martí del Fai, però es traslladà a l'església del monestir, més ben preparada. Malgrat la decadència que sofria, llavors es feu la gran casa prioral, ja que la decadència era de la comunitat, no de les seves rendes. El 1567 el monestir fou secularitzat i les seves rendes donades a l'ardiaca menor de la catedral de Girona; foren aquests ardiaques qui en tingueren la possessió, i qui hi feren les darreres obres importants: el pont sobre el Rossinyol i l'escala d'accés al monestir que forada la roca (feta el 1592, segons la inscripció que hi consta). Eren ells qui feien de prior, i nomenaven el sacerdot que tenia cura de la parròquia.

El 1832 el priorat fou abolit, i el 1835 va ser espoliat i venut. D'aquesta manera va passar a mans particulars, que a la segona meitat del segle xx i primers anys del XXI convertiren el lloc en una destinació turística important. L'explotació comercial del lloc no ha estat prou curosa, i alguns elements antics s'han destruït sense cap criteri ni planificació.

L'any 2017, al Diputació de Barcelona va adquirir les 70 hectàrees de la finca de Sant Miquel del Fai per garantir-ne l'ús públic.[2][3]